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空間的遺伝子発現解析|WET&DRY
空間的遺伝子発現解析|WET&DRY【受託解析キャンペーン】

論文作成には欠かせない
パスウェイ・GO解析
擬似系譜解析
解釈支援の報告会2回

まで込みのスペシャルプライス



280万円/2サンプル
※Visium HDの場合

サービス内容(Visium HDの場合)

【WET】空間的遺伝子発現解析
○ FFPEブロックからのスライド作製(凍結切片は提携会社へ依頼)、HE染色、切片からのRNA抽出・品質検定(DV200%測定)
○ Visium CytAssist(10x Genomics社)を用いたライブラリー作製
○ Illumina社 NovaSeq™ X PlusもしくはMGI社DNBSEQ-G400RSによるシーケンス
【DRY】データ解析
○ 発現定量解析(クオリティコントロール、正規化、データ統合、次元削減、クラスタリングおよびUMAP上の可視化・空間座標上の可視化、クラスタごとの特徴遺伝子の探索、着目遺伝子の発現量可視化(Feature plot, Violin plot))
○ サンプル間比較解析(各クラスタにおけるサンプル間発現比較解析、Gene Ontology解析、Reactomeパスウェイ解析)
○ 擬似系譜解析(Cell trajectoryの推定、Pseudotime の推定、着目遺伝子の発現パターン可視化)
○ 解析レポート、報告会(2回実施、手法解説、結果解釈のディスカッション)、アフターフォロー(メールでのQ&A)

データ解析内容

解析結果

対応プラットフォーム一覧

製品名 サンプルタイプ 対応生物種 受付単位
Trekker™ 新鮮凍結組織、OCT包埋組織/td> ヒト、マウス、ラット
その他の真核生物は要事前相談
2サンプル
Xenium 5K FFPE組織スライド ヒト、マウス 2サンプル
Visium HD FFPEブロック、FFPEスライド ヒト、マウス 2サンプル
※Stereo-seq™、CosMx™等も対応可能です。
※プラットフォーム毎にサンプル要件、注意事項が異なりますので、お問い合わせください。

価格表(税抜)

製品名 単価(税抜)
Trekker™ 320万円/2サンプル
Xenium 5K 500万円/2サンプル
Visium HD 280万円/2サンプル
データ解析のみ 43万円/サンプル
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