アメリエフ株式会社

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空間的遺伝子発現解析トレーニングサービスを開始いたしました

 アメリエフ株式会社(本社:東京都港区、代表取締役:山口昌雄、以下 アメリエフ) は、創業から蓄積してきたバイオインフォマティクスデータ解析のノウハウをもとに、バイオインフォマティクストレーニングを1,100名以上に提供して参りました。また、厚生労働省の「がんの全ゲノム解析に関する人材育成推進事業」に4年連続で採択されるなど、高い評価をいただいております。
 この度、技術革新が進む空間的遺伝子発現解析に対する需要拡大を受け、バイオインフォマティクス・トレーニングサービスを開始いたしましたのでお知らせいたします。

【背景】
近年、組織における遺伝子発現の不均質性を捉える空間的遺伝子発現解析が非常に注目されております。空間的遺伝子発現解析は、組織における遺伝子発現を、細胞の位置情報を保ったまま捉えることができる技術です。組織切片画像と組み合わせて解析することで、従来のシングルセルRNA-seq解析では不明瞭であった組織中の細胞動態を、一細胞レベルで検出できます。特に、がんをはじめとする疾患の深い理解に繋がることから、病理学の分野で注目を集めています。
そこでアメリエフでは、公開データセットを用いてマーカー遺伝子探索や、空間座標上での発現量を可視化する方法を学べる、空間的遺伝子発現解析トレーニングサービスを開始いたしました。

【サービス名】
空間的遺伝子発現解析トレーニング

【トレーニング内容】

  1. 空間的遺伝子発現解析の基礎知識やワークフロー、解析プラットフォームの特徴などの概要を学べます。
  2. 10x Genomics社Xeniumの公開データセットを用いて、空間的遺伝子発現解析の一連の流れ(クオリティコントロール、正規化、クラスタリング、細胞のプロット、マーカー遺伝子探索、発現量の視覚化など)をサーバ実習を通して学べます。
  3. 特定の空間座標領域を抽出して解析し、組織内の局所的な細胞挙動や分布を観察する手法や、データ統合、群間比較、GO analysisなど応用的な解析を学べます。
空間的遺伝子発現解析トレーニングで作図可能となる各種プロットの例

【サービスの特徴】

  1. 最新の空間的遺伝子発現解析の手法を学べます。
  2. 動画学習とサーバ実習を通して、段階的に学びを深めバイオインフォマティクスを実践できます。
  3. トレーニング内容や上手く実行できない点は、実際にデータ解析をしている現役バイオインフォマティシャンにご質問いただけます。
トレーニングオンデマンドのイメージ

ご興味のある方は、こちらよりお気軽にご連絡ください。

日本医療研究開発機構(AMED)の教育事業にて講師を務めました。

埼玉県立がんセンター 赤木 究 先生にお声がけいただき、弊社代表取締役 山口が3月12日(日)の日本医療研究開発機構(AMED)の教育事業*にて、講師を務めさせていただきました。


AMED講演会

日本医療研究機構(AMED)では定期的に、最先端の技術について紹介するセミナーを開催しています。
今回は、ゲノム医療に向けた教育事業の一環として、弊社代表の山口が変異解析(Variant Analysis)についての講義を担当させていただきました。

アメリエフ株式会社は、これからも一人でも多くの生命科学研究者に最先端かつ効率の良い情報解析ツールやノウハウを提供し、ゲノム医療実現のお手伝いができるよう、邁進してまいります。

*平成28年度「革新的がん医療実用化研究事業」における研究プロジェクト、「産学連携全国がんゲノムスクリーニング事業SCRUM-Japan で組織した遺伝子スクリーニング基盤を利用した、多施設多職種専門家から構成されたExpert Panel による全国共通遺伝子解析・診断システムの構築および研修プログラムの開発」(研究開発代表者:国立研究開発法人 国立がん研究センター 吉野 孝之 先生)の一部です。

徳島大学にてトレーニングを実施させていただきました

徳島大学医学部Student Lab主催・附属図書館協力のもと、「perl入門」と「R基礎バイオ統計」を実施させていただきました。

8/6(水)~7(木) :「医学部学生を対象としたバイオインフォマティシャン養成プログラム」
8/21(木)~22(金):「R言語によるやさしいバイオ統計実習」

参加された学生の方々は、真剣な表情で講義を聞き、実習ではたくさんコマンドを叩いていました。各講義とも、積極的な議論を通してすばらしいアイデアをたくさん出していただき、弊社としても大変有意義な講習会となりました。今後の研究のお役に立てれば幸いに存じます。

スクール「NGS基礎」の募集を開始しました

バイオインフォマティクス・スクール「NGS基礎」の募集を開始しました。

ご選択いただいたアプリケーションの公開データを解析しながら、次世代シーケンスデータの解析を行う上
で基本となる知識と技術を、短期間で取得することを目指します。

浜松町会場およびお客様先で、ご希望に合わせて随時開講いたします。

お気軽にお問い合わせください。

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