アメリエフ株式会社

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空間的遺伝子発現解析【シーケンス+データ解析】
WET&DRY【受託解析キャンペーン】

論文作成には欠かせない
パスウェイ・GO解析
擬似系譜解析
詳細説明の報告会2回

まで込みのスペシャルプライス



280万円/2サンプル
※Visium HDの場合。Xenium 5K/v1、Trekker、
Stereo-seq™、CosMx™等も対応可能です。

サービス内容(Visium HDの場合)

【WET】空間的遺伝子発現解析
○ FFPEブロックからのスライド作製(凍結切片は提携会社へ依頼)、HE染色、切片からのRNA抽出・品質検定(DV200%測定)
○ 10x Genomics社 Visium CytAssistを用いたライブラリー作製
○ Illumina社 NovaSeq™ X PlusもしくはMGI社DNBSEQ™-G400RSによるシーケンス
【DRY】データ解析
○ 発現定量解析(クオリティコントロール、正規化、データ統合、次元削減、クラスタリングおよびUMAP上の可視化・空間座標上の可視化、クラスタごとの特徴遺伝子の探索、着目遺伝子の発現量可視化(Feature plot, Violin plot))
○ サンプル間比較解析(各クラスタにおけるサンプル間発現比較解析、Gene Ontology解析、Reactomeパスウェイ解析)
○ 擬似系譜解析(Cell trajectoryの推定、Pseudotime の推定、着目遺伝子の発現パターン可視化)
○ 解析レポート、中間報告および最終報告(手法解説、結果解釈のディスカッション)

データ解析内容

解析結果

対応プラットフォーム一覧

製品名 サンプルタイプ 対応生物種 受付単位
Trekker
(FFPE検体解析)
FFPE検体
(ブロック・薄切切片)
ヒト、マウス 2サンプル
Trekker
(ベーシック解析)
(高密度解析)
新鮮凍結組織、
OCT包埋組織
ヒト、マウス
その他の真核生物は要事前相談
2サンプル
Xenium 5K FFPE組織スライド ヒト、マウス 2サンプル
Visium HD FFPEブロック、
FFPEスライド
ヒト、マウス 2サンプル
※Xenium v1、Stereo-seq™、CosMx™等も対応可能です。
※プラットフォーム毎にサンプル要件、注意事項が異なりますので、お問い合わせください。

価格表(税抜)

製品名 単価(税抜)
Trekker
(FFPE検体解析)

FFPEから解析、40,000核/サンプル 370万円/2サンプル
Trekker
(ベーシック解析)

新鮮凍結組織、OCT包埋組織から解析、20,000核/サンプル 370万円/2サンプル
Trekker
(高密度解析)

組織からの核回収率を高めることで、
空間プロットの密度向上を実現、100,000核/サンプル
530万円/2サンプル
Xenium 5K in situ方式で5,000遺伝子を解析 500万円/2サンプル
Visium HD 2 × 2µmの正方形グリッドにより高解像度解析 280万円/2サンプル
Trekker データ解析+ 詳細説明 30万円/サンプル
Xenium / Visium HD データ解析+ 詳細説明 43万円/サンプル

※ 本ページに記載されている会社名および商品名などは、各社の商号、または登録済みもしくは未登録の商標であり、これらは各所有者に帰属します。
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