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VCF統合ソフトウェア QMergeUI「Mac版」販売開始のお知らせ

VCF統合ソフトウェア QMergeUIの「Mac版」を販売開始いたしました。

QMergeUIは、一回の操作で複数のVCFファイルを「統合」し、ご指定いただいた複数データベースからの「アノテーション付与」を実行し、疾患に関連する遺伝子や変異を特定するためのソフトウェアです。

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右:統合とグループの設定画面 左:結果のエクセルシート (イメージ)

ケース/コントロールの複数サンプルをお持ちで、「特徴の異なるグループ(集団)に分類し、グループ同士を比較したい方」や、「インハウスデータや注目している遺伝子などを用いた、変異の集計を行いたい方」におすすめのソフトウェアです。

開発の背景

疾患に関連する遺伝子や変異を特定するためには、複数サンプルの変異情報を取り扱い、また、Web上で公開されているいくつものデータベースをアノテーションする必要があり、「比較するまでの前準備」に膨大な時間と手間がかかります。

そのような煩雑さを軽減し、1つのソフトウェアで、短時間(最短30分)で結果を出すことができるソフトウェアを、受託解析サービスで様々な解析の経験を積んだスタッフの手で開発いたしました。
Mac版につきましては、複数のお客様からのご要望がありましたので開発する運びとなりました。

●詳細はこちらのページをご覧ください。

ご興味のある方は、お気軽にお問い合わせください。

【残り3席】1Dayインターンシップ11月開催日のお知らせ

11月に実施する「1Dayインターンシップ」の開催日が決定いたしましたので、お知らせいたします。
年内最後の開催となりますので、ご興味のある方は是非お申し込みください。

実施日 2015年11月26日(木)10:00~17:00
定員 6名 残り3席
対象 文系・理系・学部学科不問
特定の職種に絞らず、下記のような職種を考えている方全般を対象としています。アメリエフでは、適正に合った仕事をお任せし、一人ひとりの能力を最大限生かすことを優先しています。

営業系総合職:営業、企画、人事、総務、経理、法務、役員サポートなど
技術系総合職:システム開発、受託解析、製品管理など

次の方は大歓迎します
(1)会社ホームページを見て何か1つでも共感した方
(2)ベンチャー企業でより早く成長したい方
(3)喫煙しない方

詳細・お申し込みにつきましてはインターンシップ情報をご覧ください。
【お申込み締切:11月19日(木)正午まで】

■過去の実施例

参加者 医科学系専攻の学生
内容 前半:解析の基礎となるLinuxの基本的なコマンドと、バイオインフォマティクスツールの使い方を体験
後半:実際のデータを使用して分析し、その結果を発表

インターンシップ終了後、懇親会を兼ねた解析システム構築をレクチャーいたします。
◆ 最新CentOSを使った、解析サーバセットアップを実践!
◆ 社員、役員と話して、会社の雰囲気がもっとわかる!
◆ 仕事中に聞けなかったことや、業界のことなどを社員に質問できる!

皆様のご応募を、お待ちしております。

日本人類遺伝学会第60回大会に参加いたします

日本人類遺伝学会第60回大会に、ポスターと展示ブースを出展いたします。

日本人類遺伝学会第60回大会

日時 2015 年10 月14 日(水)~17 日(土)
場所 京王プラザホテル(新宿)
〒160-8330 東京都新宿区西新宿2-2-1
http://www.keioplaza.co.jp/access/
HP 日本人類遺伝学会第60回大会
http://www.congre.co.jp/jshg60/index.html
展示ブース ソフトウェアのご紹介
一回の操作で「複数のVCFファイル」を比較し、ご指定いただいた「複数データベースからアノテーション付与」することが出来る、アメリエフ開発ソフト「QMergeUI」を中心にご紹介いたします。
ケース/コントロールの複数サンプルをお持ちで、サンプル間比較の結果を1枚にまとめたい方や、1つ1つ手作業でデータベースからアノテーション付与する手間を省略したいとお考えの方に最適のソフトウェアです。
ポスター 演題:がん関連変異探索における変異データベースの活用
次世代シーケンサの技術的発展が進み、大量のデータが安価に生成できるようになったことで、がん関連変異の検出においては、がん組織特異的な変異の絞り込みや、低アリル頻度の変異検出をする目的で、がん組織と、それとペアとなる正常組織の両方をシーケンスし、germlineの変異を除いた体細胞変異を検出することが増えている。
我々は、がん組織のシーケンスデータのみからがん関連変異を検出することができれば、時間やコストの削減が可能になることに注目し、近年多く設立され、また発展が著しい種々の変異データベース(COSMIC、HGVD、iJGVD等)を用いたがん関連変異の探索を行った。さらに、がん組織からの全エクソームシーケンスデータにおける、がん・正常組織ペアを用いた変異検出との精度比較を行った。

学会に参加される方は、是非お立ち寄りください。

第74回日本癌学会学術総会に参加いたします

第74回日本癌学会学術総会にて、ポスター発表いたします。

第74回日本癌学会学術総会

日時 2015 年10 月8 日(木)~10 日(土)
場所 名古屋国際会議場
〒456-0036 名古屋市熱田区熱田西町1番1号
http://www.nagoya-congress-center.jp/access/syuhen.html
HP 第74回日本癌学会学術総会
http://www.congre.co.jp/jca2015/index.html
ポスター ポスター番号:P-1160
ポスター会場:P-1(1号館 1階、イベントホール)
セッション:10/8(木)17:30~
演題名:がん関連変異探索における変異データベースの活用

学会に参加される方は、是非お立ち寄りください。

【開催後記】ライフサイエンス×IT勉強会を開催いたしました

9月26日(土)のライフサイエンス×IT勉強会第2弾@神田を開催いたしました。簡単に勉強会の様子をご報告いたします。

第一部では、シーケンサ(DNAの塩基配列を読み取る装置)の精度の向上に伴い、ここ20年間のうちに「早く」「安く」DNAデータの作成が可能になった反面、解析を担当するバイオインフォマティシャンの人材が不足している現状や、米国や日本でも予算を確保しライフサイエンスに重点的に取り組む方針であるなど、業界の動きと今後の展望について、代表取締役社長 山口よりお話させていただきました。

第二部では、細胞や遺伝子についての基本的な解説から遺伝子配列を使った解析をご体験いただきました。

incu・be

参加された皆様

今回は、学生から社会人、趣味でプログラミングをされている方、起業のご経験がある方など、様々な背景を持った方にご参加いただきました。
ご自身の興味や研究、仕事などの観点から、たくさんの質問をいただきました。また、自己紹介や名刺交換、懇親会で、参加者同士でもお話されて、異業種の方との横のつながりを作る機会にもなったのではないかと思います。
一方で、ライフサイエンスにおいてITエンジニアがどのように貢献できるのか、伝えきなかったという反省もありますので、次回以降、ITエンジニアが具体的にどのように活躍できるのかをお伝えできるよう工夫したいと考えております。

お忙しい中、ご参加いただきました皆様に御礼申し上げます。
次回の開催も予定しておりますので、決まり次第改めてお知らせいたします。

筆者:山本

インターンシップ生募集開始のお知らせ

インターンシップ生の募集を開始いたしました。

インターンシップ情報

インターン期間は1日から、ご要望をいただければ長期のインターンシップのお申し込みも受け付けております。
理系・文系問わずご参加いただけます。ご興味のある方は、是非お気軽にご応募ください。

詳細・お申し込みはインターンシップ情報をご覧ください。

研究キャリア応援マガジン「incu・be」に経営陣インタビューが掲載されました

研究キャリア応援マガジン「incu・be」2015.秋号 vol.31(リバネス出版)に役員の須田、山口、金のインタビュー記事が掲載されました。
「incu・be」は、自らの未来に向かって主体的に考え行動する、理工系の若手研究者のための雑誌です。

incu・be

インタビューでは、タイトルを「ITを武器に活躍する新たなフィールドは、異分野にあり」として、アメリエフ立ち上げからこれまでの取り組みや、これからのバイオ分野でのITエンジニアの重要性や魅力を、ご紹介しています。
これからアメリエフが目指している方向や、エンジニアに期待していることなどが盛り込まれた内容となっておりますので、ご一読いただけますと幸いです。

●記事はこちらからご覧いただけます。
ITを武器に活躍する 新たなフィールドは、異分野にあり

記事をご覧頂き、ご興味をもたれた方は、是非「ライフサイエンス×IT勉強会第2弾」にお申し込みください。
当日は経営陣も参加する予定です。

●勉強会の詳細はこちらをご覧ください。
ライフサイエンス×IT勉強会第2弾@神田 開催のお知らせ

GIW/InCoB 2015 ブース出展いたします

GIW/InCoB 2015に、ブース出展いたします。

GIW/InCoB 2015

日時 2015 年9 月9 日(水)~11 日(金)
場所 日本科学未来館(東京都江東区青海2-3-6)
https://www.miraikan.jst.go.jp/guide/route/
HP GIW/InCoB 2015
http://www.jsbi.org/giw-incob2015/

展示ブースでは、新卒・既卒の方へ、データ解析担当者採用の詳細についてご案内いたします。アメリエフのお仕事紹介やHPでは公開していない社内風景の写真も多数展示いたします。
たくさんの方のお越しをお待ちしております!

ライフサイエンス×IT勉強会第2弾@神田

前回7月の会に続き「ライフサイエンス×IT勉強会第2弾」を開催することが決定いたしましたので、ご案内いたします。

《演者》
山口 昌雄 (代表取締役社長)

《内容》
第一部:
「医療」や「ライフサイエンス」におけるITの取り組みについて最先端の情報をお話いたします。

第二部:
サンプル遺伝子と基準とされている遺伝子を比較し、遺伝子配列の違いについて「日本人にはよく見られる変異」「この変異は病気にかかわる変異」である、などの意味を見つけ出す解析の疑似体験を行います。

第1弾
★第1弾の風景

第1弾では若手ITエンジニアや学生が多数集まり、活発なディスカッションが繰り広げられました。
新しい分野に挑戦したいIT分野の方は是非お越しください!

日時 2015年9月26日(土) 16:30-18:00
(受付開始 16:15〜)
場所 貸し会議室 神田ホール
東京都千代田区神田東松下町37-2 加瀬ビル130 4階 第1会議室
アクセス JR・東京メトロ銀座線「神田」駅より徒歩5分
都営新宿線「岩本町」駅より徒歩3分
JR「秋葉原」駅より徒歩7分
定員 24名
参加費 無料
形式 ゼミ形式(フリーディスカッション)

ネット環境のご準備はございませので、予めご了承ください。
参加をご希望の方は、下記URLお申し込みフォームからお早めにお申し込みください。

お申込みはこちら⇒ http://goo.gl/forms/vHVRSMlj5Z
          【お申込み締切:9月25日(金)正午まで】
           ※定員になり次第締め切り。

勉強会の後には懇親会(実費)を企画しております。
みなさまとお会いできることを楽しみにしております。

NGSハンズオン講習会フォローアップ勉強会@神田

8月のハンズオン講習会に参加された方を対象に、アメリエフ主催で「フォローアップ勉強会」を企画いたしましたのでお知らせいたします。

講習会当日には聞けなかった質問や、実際に自分のデータで解析してみて生まれた疑問などにお応えします。アメリエフからは講師2名とTA2名も参加しますので、みなさま奮ってご参加ください。

日時:2015年9月18日(金) 19:00 - 21:00
場所:JR神田駅周辺の居酒屋
参加費:3500円(会食代)

詳細はお申し込みをされた方に後日お知らせいたします。

参加をご希望の方は、下記URLよりお申し込みください。

お申込みはこちら ⇒ http://goo.gl/forms/AGX8gloYuJ
         【お申込み締切:9月14日(月)正午まで】

みなさまとお会いできることを楽しみにしております。

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