シーケンスに加えて、論文作成には欠かせない「
二群間解析における発現量比較解析」「
発現変動遺伝子の抽出」「
特定遺伝子に着目した発現量の変化の可視化」「
GO解析」「
パスウェイ解析」込みのスペシャルプラン

• RNAシーケンス
  • Aコース：ライブラリ調製、NovaSeq6000による（PolyA 4Gb/13.3Mぺアードリード）によるシーケンシング
  • Bコース：ライブラリ調製、NovaSeq6000による（PolyA 12Gb/40Mぺアードリード）によるシーケンシング
• ※non stranded RNA-seqとなります。strand specific RNA-seqをご希望の場合はお問合せください
• バイオインフォマティクス
  • 解析レポート、中間報告、最終報告（手法解説、結果解釈のディスカッション）
  • 発現定量解析：マッピング、 発現定量、クラスタリング、ヒートマップ、20サンプル以上の場合は主成分分析
  • 二群間解析における発現量比較解析：二群間解析（Volcano plot、４組組み合わせまで）、クラスタリング、ヒートマップ、 主成分分析
  • 発現変動遺伝子の抽出
  • 特定遺伝子に着目した発現量の変化の可視化（Box plotなど）
  • GO解析（Gene Ontology）、パスウェイ解析、20サンプル以上の場合はWGCNA（重み付け遺伝子共発現ネットワーク解析）
• ※Aコース：5.9万円/サンプル（税込64,900円）、Bコース：6.9万円/サンプル（税込75,900円）

サンプル要件

• RNA-seq遺伝子発現量群間比較
  • サンプルタイプ：total RNA
    ※サンプルQCでRIN値が非常に低い場合は、再提出をお願いすることがございます。
    ※ ヒトおよびマウス以外の生物種をご希望の場合は、お問合せください。

    総量（µg）	液量（µL）	濃度（µg）	純度
    1以上	20以上	50以上	OD260/280 1.8 - 2.2 OD260/230 ≧ 1.8

• シングルセルRNA-seq発現変動遺伝子解析
  • サンプルタイプ：細胞
    ※ ヒトおよびマウス以外の生物種をご希望の場合は、お問合せください。
    • 凍結状態であること。
    • 細胞数は106細胞以上であること。
    • 融解後の細胞の生存率が90%以上推奨。
    • 細胞は分散もしくは単離してください。
    • EDTA0.1mM以下、マグネシウム3mM以下、界面活性剤は含まないこと。
    • 細胞サイズが直径30μm以下であること。
    • 40μmのフィルターにかけてください。
    • 凍結の際にはセルバンカー等を用いてください。

注意事項

• ※シーケンスデータはノボジーン株式会社が提供いたします
• ※東京配送センター利用料金、データ納品のHDD/Cloudの費用は別途頂戴いたします。

送付方法

サンプルは、ドライアイス同梱の上、ノボジーン東京配送センターにお送りください。

※シングルセル遺伝子発現解析は、機器を持ち込んでの出張サービスも承っております。
その際には出張費をご請求いたします。
また、ノボジーンラボにサンプルを持ち込んで頂いてのご利用も可能です。詳細はお問合せください。

• 解析レポート、中間報告、最終報告（手法解説、結果解釈のディスカッション）
• 発現定量解析：マッピング、 発現定量、クラスタリング、ヒートマップ、20サンプル以上の場合は主成分分析
• 二群間解析における発現量比較解析：二群間解析（Volcano plot、４組組み合わせまで）、クラスタリング、ヒートマップ、 主成分分析
• 発現変動遺伝子の抽出
• 特定遺伝子に着目した発現量の変化の可視化（Box plotなど）
• GO解析（Gene Ontology）、パスウェイ解析、20サンプル以上の場合はWGCNA（重み付け遺伝子共発現ネットワーク解析）

Aコース：発現変動遺伝子の群間解析

• 解析レポート、中間報告、最終報告（手法解説、結果解釈のディスカッション）
• Cell type同定に使用するマーカー遺伝子の検討
• GO解析（Gene Ontology）、パスウェイ解析

Bコース：細胞分化に関わる発現変動遺伝子解析

• 解析レポート、中間報告、最終報告（手法解説、結果解釈のディスカッション）
• 疑似系譜解析（Cell trajectoryの推定、マーカー遺伝子の検討）
• 遺伝子アノテーション
• GO解析（Gene Ontology）、パスウェイ解析

• 解析レポート、中間報告、最終報告（手法解説、結果解釈のディスカッション）
• Circos plot
• 20サンプル以上の場合、パスウェイエンリッチメント解析

Aコース：トリオのタンデムリピートの探索

• 解析レポート、中間報告、最終報告（手法解説、結果解釈のディスカッション）
• タンデムリピートの検出
• 遺伝子アノテーション
• トリオのタンデムリピート検出結果統合、健常者ー罹患者間で変化の度合いが大きいタンデムリピート探索

Bコース：疾患群共通のタンデムリピートの探索

• 解析レポート、中間報告、最終報告（手法解説、結果解釈のディスカッション）
• タンデムリピートの検出
• 遺伝子アノテーション
• 疾患群のタンデムリピート検出結果統合、健常者ー罹患者間で変化の度合いが大きいタンデムリピート探索

• PacBio Hifi ロングリードシーケンス
  • HiFiライブラリ調整、Sequel Ⅱ CCS Sequencing、ヒト用データ解析（SV,CNV）
• バイオインフォマティクス
  • 解析レポート、中間報告、最終報告（手法解説、結果解釈のディスカッション）
  • Circos plot
  • 20サンプル以上の場合、パスウェイエンリッチメント解析

Aコース：トリオのタンデムリピートの探索

• PacBio Hifi ロングリードシーケンス
  • HiFiライブラリ調整、Sequel Ⅱ CCS Sequencing、ヒト用データ解析（SV,CNV）
• バイオインフォマティクス
  • 解析レポート、中間報告、最終報告（手法解説、結果解釈のディスカッション）
  • タンデムリピートの検出
  • 遺伝子アノテーション
  • トリオのタンデムリピート検出結果統合、健常者ー罹患者間で変化の度合いが大きいタンデムリピート探索

Bコース：疾患群共通のタンデムリピートの探索

• PacBio Hifi ロングリードシーケンス
  • HiFiライブラリ調整、Sequel Ⅱ CCS Sequencing、ヒト用データ解析（SV,CNV）
• バイオインフォマティクス
  • 解析レポート、中間報告、最終報告（手法解説、結果解釈のディスカッション）
  • タンデムリピートの検出
  • 遺伝子アノテーション
  • 疾患群のタンデムリピート検出結果統合、健常者ー罹患者間で変化の度合いが大きいタンデムリピート探索

• RNAシーケンス
  • ライブラリ調整、NovaSeq6000による（PolyA 4Gb/13.3Mぺアードリード）によるシーケンシング
• バイオインフォマティクス
  • 解析レポート、中間報告、最終報告（手法解説、結果解釈のディスカッション）
  • 発現定量解析：マッピング、 発現定量、クラスタリング、ヒートマップ、20サンプル以上の場合は主成分分析
  • 二群間解析における発現量比較解析：二群間解析（Volcano plot、４組組み合わせまで）、クラスタリング、ヒートマップ、 主成分分析
  • 発現変動遺伝子の抽出
  • 特定遺伝子に着目した発現量の変化の可視化（Box plotなど）
  • GO解析（Gene Ontology）、パスウェイ解析、20サンプル以上の場合はWGCNA（重み付け遺伝子共発現ネットワーク解析）

Aコース：発現変動遺伝子の群間解析

• シングルセルRNA-seq
  • 10xゲノミクスChroniumコントローラーでのシングルセル化された細胞からのRNA-Seqライブラリー調整、NovaSeq6000による120Gbのシーケンシング、Cell Rangerによる解析
• バイオインフォマティクス
  • 解析レポート、中間報告、最終報告（手法解説、結果解釈のディスカッション）
  • Cell type同定に使用するマーカー遺伝子の検討
  • GO解析（Gene Ontology）、パスウェイ解析

Bコース：細胞分化に関わる発現変動遺伝子解析

• シングルセルRNA-seq
  • 10xゲノミクスChroniumコントローラーでのシングルセル化された細胞からのRNA-Seqライブラリー調整、NovaSeq6000による120Gbのシーケンシング、Cell Rangerによる解析
• バイオインフォマティクス
  • 解析レポート、中間報告、最終報告（手法解説、結果解釈のディスカッション）
  • 疑似系譜解析（Cell trajectoryの推定、マーカー遺伝子の検討）
  • 遺伝子アノテーション
  • GO解析（Gene Ontology）、パスウェイ解析