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<バイオインフォマティクス講習会@神戸>Bio-Linux 8のインストールに関する補足情報

先日ご案内いたしました5月20日の講習会では、仮想環境を事前インストールしていただくことでLinuxを体験しながら受講することができます。

環境構築に当たりまして、インストールの詳細な手順を記載している資料を補足情報としてご案内いたします。
こちらの資料は東京大学 大学院農学生命科学研究科 門田 幸二先生のホームページにて公開されているものをご紹介しております。

仮想マシンの作成、およびBio-Linux 8のインストール
●Windows版
http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/book/JSLAB2_BioLinux8_iso_win.pdf

●Macintosh版
http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/book/JSLAB2_BioLinux8_iso_mac.pdf

現在、お陰様で20名様を超えるお申し込みをいただいておりますが引き続き、皆様のお申し込みをお待ちしております!

☆講習会の詳細はこちら⇒ https://amelieff.jp/?p=4376

第43回バイオインフォマティクス講習会@神戸「アメリエフのバイオインフォマティクストレーニングを体験」

この講習会のお申し込みは終了いたしました。
ご好評いただき満席となりましたが、ご希望がございましたらお問い合わせください。


5月20日に開かれるバイオインフォマティクス講習会のご案内です。

《講師》
山口 昌雄 (アメリエフ株式会社 代表取締役社長)

《内容》
アメリエフで提供している「トレーニング」をたくさんの方に知っていただくため、トレーニングを体験できる講習会を企画いたしました。

お手持ちのPC(Mac / Linux)でNGS 解析を始めたい方に、Linux の基本操作からNGSデータ解析でよく利用されるフリーソフトの使い方、データ解析手法をご紹介します。
本セミナーでご紹介するコマンドはお配りする資料にすべて記載してありますので、お持ち帰りいただき、ぜひNGS 解析でご活用いただければと思います。

講習会開催にあたっては、理化学研究所 ライフサイエンス技術基盤研究センター 工樂 樹洋先生、医学生物学研究所(MBL)様にご協力いただいております。

日時 2015年5月20日(水) 16:30-18:00
(受付開始 16:15〜)
場所 理化学研究所 多細胞システム形成研究センター(CDB)C棟 4階 C-S401号室
〒650-0047 兵庫県神戸市中央区港島南町2-2-3
アクセス 最寄り駅:ポートライナー 医療センター駅
定員 40名 ⇒ 44名
参加費 無料
対象 ・これからNGS解析を始めたい方
・これからLinuxを始めたい方
形式 講義形式
★仮想環境の事前インストールで、Linux を体験しながら受講できます。
下記URL をご参考に、お手元のノートPC にLinux 仮想環境(VMware、BioLinux)を構築してご準備ください。
・BioLinuxのインストール(日本語版) http://bi.biopapyrus.net/win/vm-biolinux.html
・BioLinux(公式) http://environmentalomics.org/bio-linux/

参加をご希望の方は、下記URLのお問い合わせページからお早めにお申し込みください。

お申込みはこちら⇒ http://goo.gl/forms/qP62qylPj9
          【お申込み締切:5月18日(月)正午まで】

みなさまとお会いできることを楽しみにしています。
講習会の後には、「理研神戸 NGS施設見学会」(最大20分)と施設内での情報交換会(実費:2,000円)を予定しております。詳細はお申し込みをされた方に後日お知らせいたします。
情報交換や横のつながりを作る機会として、お楽しみいただければと思います。お時間の許す方は奮ってご参加ください。
ご意見・ご質問・リクエスト等ございましたら、遠慮無くご連絡ください。

第42回バイオインフォマティクス勉強会「フリーソフトではじめるNGS解析入門@大阪〜Exomeシーケンスからクリニカルシーケンスまで〜」

2月21日に開かれるバイオインフォマティクス勉強会のご案内です。
(2月14日(土)東京開催の勉強会と同様の内容となります。)

《講師》
山口 昌雄 (アメリエフ株式会社 代表取締役社長)

《内容》
ゲノムのシーケンスデータから得られた大量のSNV/Indelを効率よく活用するために、フィルタリング・分類・蓄積する方法について、Linuxを用いたフリーソフトの使い方やコマンド操作など実例を交えてご紹介いたします。今回は特に、公開されているデータベースを用いた絞り込みを行う上でポイントとなる解析手法をご紹介します。

この勉強会はMBL(医学生物学研究所)様との共催となります。

日時 2015年2月21日(土) 15:30-16:50
(受付開始 15:15〜)
場所 コンベンションルーム・AP大阪梅田茶屋町 
〒530-0013 大阪府大阪市北区茶屋町1番27号 ABC-MART梅田ビル8F 

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アクセス JRをご利用の場合 「大阪駅」御堂筋口より徒歩約3分
阪急電車をご利用の場合 「梅田駅」2F茶屋町口改札口より徒歩約1分
地下鉄御堂筋線をご利用の場合 「梅田駅」北改札より徒歩約3分
地下鉄谷町線をご利用の場合 「東梅田駅」北東改札・北西改札より徒歩約5分
阪神電車をご利用の場合 「梅田駅」東改札口より徒歩約5分
定員 30名
参加費 1,000円(消費税込)
対象 ・これからNGS解析を始めたい方
・Exomeシーケンス、各種疾患やCancerパネルから取得した変異データの扱いにお困りの方
・ヒトの疾患やアリル頻度情報のデータベースにご興味のある方
形式 講義形式(実習はございませんのでPCは不要です)

テキスト代を頂戴しております。プロジェクターで投影しながら進行していきます。
電源やネット環境のご準備はございませので、予めご了承ください。
参加をご希望の方は、下記URLのお問い合わせページからお早めにお申し込みください。

お申込みはこちら⇒ http://goo.gl/forms/9KKT3j6G0j
          【お申込み締切:2月19日(木)正午まで】

みなさまとお会いできることを楽しみにしています。
勉強会の後には情報交換会(実費)を企画しております。情報交換や横のつながりを作る機会として、お楽しみいただければと思います。お時間の許す方は奮ってご参加ください。
ご意見・ご質問・リクエスト等ございましたら、遠慮無くご連絡ください。

第41回バイオインフォマティクス勉強会「フリーソフトではじめるNGS解析入門@東京〜Exomeシーケンスからクリニカルシーケンスまで〜」

2月14日に開かれるバイオインフォマティクス勉強会のご案内です。

2015.1.29 ご好評につき、参加希望人数が定員に達したためキャンセル待ちとさせていただきます。
また、同様の内容で2月21日(土)にも大阪開催が決定いたしましたので、よろしければそちらもご検討ください。

《講師》
山口 昌雄 (アメリエフ株式会社 代表取締役社長)

《内容》
ゲノムのシーケンスデータから得られた大量のSNV/Indelを効率よく活用するために、フィルタリング・分類・蓄積する方法について、Linuxを用いたフリーソフトの使い方やコマンド操作など実例を交えてご紹介いたします。今回は特に、公開されているデータベースを用いた絞り込みを行う上でポイントとなる解析手法をご紹介します。

日時 2015年2月14日(土) 15:30-16:50 (受付開始 15:15〜)
場所 神田公園区民館 5階B会議室
〒101-0048 神田司町2-2

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アクセス JR・東京メトロ銀座線神田駅から徒歩5分
東京メトロ丸ノ内線淡路町駅から徒歩5分
都営新宿線小川町駅から徒歩5分
定員 34名
参加費 1,000円(消費税込)
対象 ・これからNGS解析を始めたい方
・Exomeシーケンス、各種疾患やCancerパネルから取得した変異データの扱いにお困りの方
・ヒトの疾患やアリル頻度情報のデータベースにご興味のある方
形式 講義形式(実習はございませんのでPCは不要です)

テキスト代を頂戴しております。プロジェクターで投影しながら進行していきます。
電源やネット環境のご準備はございませので、予めご了承ください。
参加をご希望の方は、下記URLのお問い合わせページからお早めにお申し込みください。

お申込みはこちら⇒ http://goo.gl/forms/7QcyJkhVfz
          【お申込み締切:2月12日(木)正午まで】
みなさまとお会いできることを楽しみにしています。
勉強会の後には情報交換会(実費)を企画しております。情報交換や横のつながりを作る機会として、お楽しみいただければと思います。お時間の許す方は奮ってご参加ください。
ご意見・ご質問・リクエスト等ございましたら、遠慮無くご連絡ください。

第40回バイオインフォマティクス勉強会「フリーソフトではじめるChIP-seq&メチル化データ解析入門@福岡」

12月18日(木)に開かれるバイオインフォマティクス勉強会のご案内です。
今回の勉強会では、九州大学 生体防御医学研究所の須山先生にご講演いただきます。

《構成》
第一部:16:00~16:30
演題:「NGS解析における大規模プロジェクトデータの活用」
講師:須山 幹太 先生(九州大学 生体防御医学研究所 生体多階層システム研究センター 情報生物学分野 教授)

第二部:16:30~17:10
フリーソフトではじめるChIP-seq&メチル化データ解析入門
講師:山口 昌雄 氏(アメリエフ株式会社 代表取締役社長)

第三部:17:10~17:20
フリーディスカッションタイム

《内容》
これからNGS解析(特にChIP-seqデータ解析とメチル化データ解析)を始めたい方を対象に、精度の高い解析結果を出すためにポイントとなる、フリーソフトの使い方やコマンド操作など実例を交えてご紹介いたします。
九州大学 須山先生には、次世代シーケンサから出力される大規模なデータをどのように解析し、活用するかを豊富なご経験から紹介いただきます。
アメリエフからはChIP-seqデータのデータ解析手法とSeqCap Epi CpGiant Enrichment Kit(Roche社) を用いてエンリッチメントされたサンプルのシーケンスデータ(illumina社のNGSを使用)のメチル化データ解析手法をご紹介いたします。

勉強会の後には情報交換会(実費)を企画しております。情報交換や横のつながりを作る機会として、お楽しみいただければと思います。お時間の許す限り、ぜひご参加ください。

日時 2014年12月18日(木) 15:45-17:30
(受付開始 15:30〜)
場所 福岡朝日ビルB1 15号

アクセス JR博多駅 博多口 徒歩約2分
地下鉄博多駅 博多口 徒歩約2分
定員 60名
参加費 1,000円(消費税込み)
対象 これからNGS解析を始める方/Linux初心者の方
形式 セミナー形式(実習はございませんのでPCは不要です)

テキスト代を頂戴しております。プロジェクターで投影しながら進行していきます。
電源やネット環境のご準備はございませんので、予めご了承ください。
参加をご希望の方は、下記URLのお問い合わせページからお早めにお申し込みください。

お申込みはこちら⇒ http://goo.gl/TMqZtJ【お申込み締切:12月16日(火)正午まで】

第38回/第39回バイオインフォマティクス勉強会「フリーソフトではじめるChIP-seq&メチル化データ解析入門」


12月5日、6日に開かれるバイオインフォマティクス勉強会のご案内です。
12月5日は京都、12月6日は東京で開催いたします。

これからNGS解析(特にChIP-seqデータ解析とメチル化データ解析)を始めたい方を対象に、精度の高い解析結果を出すためにポイントとなる、フリーソフトの使い方やコマンド操作など実例を交えてご紹介いたします。
今回は特に、SeqCap Epi CpGiant Enrichment Kit(Roche社)を用いてエンリッチメントされたサンプルのシーケンスデータ(illumina社のNGSを使用)のメチル化データ解析手法をご紹介いたします。
東京開催では、まずロシュ・ダイアグノスティックス株式会社のご担当者様から、この製品の特徴などを紹介いただく予定です。
勉強会の後には情報交換会(実費)を企画しております。情報交換や横のつながりを作る機会として、お楽しみいただければと思います。お時間の許す方はふるってご参加ください。

■□京都開催□■

日時 2014年12月5日(金)15:30~16:50
(受付開始 15:15〜)
場所 ハートピア京都 第3会議室
アクセス 京都市営地下鉄烏丸線「丸太町」駅下車 5番出口(地下鉄連絡通路にて連結)
京都市バス、京都バス、JRバス「烏丸丸太町」バス停下車 烏丸通り沿い南へ
定員 25名
参加費 1,000円(税込み)
形式 セミナー形式(実習はございませんのでPCは不要です)
■□東京開催□■

日時 2014年12月6日(土)10:30~11:50
(受付開始 10:15〜)
場所 文京区シビック 区民会議室5階 会議室A
アクセス 東京メトロ 後楽園駅・丸の内線(4a・5番出口)南北線(5番出口)徒歩1分
都営地下鉄春日駅三田線・大江戸線(文京シビックセンター連絡口)徒歩1分
JR総武線 水道橋駅(東口)徒歩9分
定員 36名
参加費 1,000円(税込み)
形式 セミナー形式(実習はございませんのでPCは不要です)

テキスト代を頂戴しております。プロジェクターで投影しながら進行していきます。
電源やネット環境のご準備はございませんので、予めご了承ください。
参加をご希望の方は、下記URLのお問い合わせページからお早めにお申し込みください。

お申込みはこちら⇒ http://goo.gl/GWUBjk【お申込み締切:12月4日(木)正午まで】

第37回バイオインフォマティクス勉強会「次世代シーケンス Exome-seq解析セミナー@札幌」

9月18日(金)に開かれるバイオインフォマティクス勉強会のご案内です。
今回の勉強会は、株式会社医学生物学研究所様のご協力を得て、公益財団法人 かずさDNA研究所の小原 收 先生にご講演いただきます。

《構成》
 第一部:15:30~16:20
Exome-seqを中心としたNGSの解析手法のご紹介
講師: 小原 收 氏(公益財団法人 かずさDNA研究所 副所長)

 第二部:16:30~17:20
フリーソフトを用いた Exome解析データ解析手法のご紹介
講師:山口 昌雄 氏(アメリエフ株式会社 代表取締役社長)

《内容》
これからNGS解析(特にExome-seq解析)を始めたい方を対象に、サンプル調整から出力されたデータの解析までを実例を交えてご紹介いたします。かずさDNA研究所 小原先生にはHiseq2500など豊富なNGS使用経験からクオリティーの高いデータを得るための実験上のポイントをご紹介いただきます。アメリエフからは、精度の高い解析結果を出すためにポイントとなる、フリーソフトの使い方やコマンド操作など実例を交えてご紹介いたします。なお、ご紹介する解析パイプラインは1000 Genomes Projectで用いられた、実績のある手法です。本セミナーでご紹介するコマンドはお配りする資料にすべて記載してありますので、お持ち帰りいただき、ぜひNGS解析を始めていただきたいと思います。
ご質問などございましたら、お近くのスタッフまでいつでもお気軽にご相談ください。
みなさまにとって、貴重な情報交換の場となりましたら幸いです。

日時 2014年9月18日(木) 15:30-17:30
(受付開始 15:15〜)
場所 TKP札幌駅カンファレンスセンター 部屋番号:2F(北海道札幌市北区)
地図 http://www.kashikaigishitsu.net/search-rooms/access?id=197
定員 45名
参加費 1,000円(消費税込)
対象 これからExome-seq解析を始める方/Linux初心者の方
形式 講義形式(実習はございませんのでPCは不要です)

テキスト代を頂戴しております。プロジェクターで投影しながら進行していきます。
電源やネット環境のご準備はございませので、予めご了承ください。
参加をご希望の方は、下記URLのお問い合わせページからお早めにお申し込みください。

お申込みはこちら⇒ http://goo.gl/eE9Fq1

みなさまとお会いできることを楽しみにしています。ご意見・ご質問・リクエスト等ございましたら、遠慮無くご連絡ください。

第36回バイオインフォマティクス勉強会「フリーソフトではじめるNGS解析入門@東京〜Exomeシーケンスからクリニカルシーケンスまで〜」

9月5日(金)に開かれるバイオインフォマティクス勉強会のご案内です。

《講師》
山口 昌雄 (アメリエフ株式会社 代表取締役社長)

《内容》
次世代シーケンサ(NGS)は短時間に大量の塩基配列を決定することを実現した機器であり、ゲノム科学分野の基礎研究では、盛んに活用されています。近年は、限られた施設向けの大型NGSだけではなく、デスクトップ型の小型NGSも発売され、一般研究室での活用や臨床への応用が期待されています。
今回の勉強会では、これからNGSの導入をご検討されている方を対象に、NGSの活用例として国際プロジェクトのご紹介や、NGSデータを用いた研究や臨床への活用方法などを実例を交えてご紹介すると共に、導入する際に必要となるデータ解析環境やExome解析の具体的な手順(コマンド)をご紹介します。

日時 2014年9月5日(金) 15:30-17:30
(受付開始 15:15〜)
場所 ビジョンセンター日本橋 504(東京都中央区日本橋室町)
地図 http://www.visioncenter.jp/access/index.html
定員 60名
参加費 1,000円(消費税込)
対象 これからNGS解析を始める方/Linux初心者の方
形式 講義形式(実習はございませんのでPCは不要です)

テキスト代を頂戴しております。プロジェクターで投影しながら進行していきます。
電源やネット環境のご準備はございませので、予めご了承ください。
参加をご希望の方は、下記URLのお問い合わせページからお早めにお申し込みください。

お申込みはこちら⇒ http://goo.gl/eE9Fq1

みなさまとお会いできることを楽しみにしています。ご意見・ご質問・リクエスト等ございましたら、遠慮無くご連絡ください。

第35回バイオインフォマティクス勉強会「フリーソフトではじめるNGS解析入門@大阪」

7月26日(土)に開かれるバイオインフォマティクス勉強会のご案内です。

《講師》
山口 昌雄 (アメリエフ株式会社 代表取締役社長)

《内容》
Linux環境でNGS解析を始めたい方に、Exome解析を題材にして、フリーソフトの使い方やコマンド操作など実例をご紹介いたします。ご紹介する解析パイプラインは1000 Genomes Projectで用いられた、実績のある手法です。近年、次世代シーケンスデータをLinux環境で解析するためのソフトウェアが研究目的に合わせて、続々と開発されています。今回は、Exome解析だけではなく、がんサンプルのデータ解析に特化したソフトウェアも併せてご紹介致します。会場にはささやかですがソフトドリンクとお菓子のコーナーをご用意しております。ご質問などございましたら、お近くのスタッフまでいつでもお気軽にご相談ください。

日時 2014年7月26日(土) 15:30-17:00
(受付開始 15:00〜)
場所 AP大阪梅田茶屋町 Dルーム (大阪府大阪市北区茶屋町1番27号 ABC-MART梅田ビル8F)
地図 http://www.ap-umedachayamachi.com/info/access.html#access
定員 48名
参加費 1,000円(消費税込)
対象 ・これからLinux環境でNGS解析を始める方
・がん体細胞変異の研究をされている方/関心がある方
形式 講義形式(実習はございませんのでPCは不要です)

テキスト代を頂戴しております。プロジェクターで投影しながら進行していきます。
電源やネット環境のご準備はございませので、予めご了承ください。
参加をご希望の方は、下記URLのお問い合わせページからお早めにお申し込みください。

お申込みはこちら⇒ http://goo.gl/eE9Fq1

みなさまとお会いできることを楽しみにしています。ご意見・ご質問・リクエスト等ございましたら、遠慮無くご連絡ください。

第34回バイオインフォマティクス勉強会「フリーソフトではじめるExome解析入門@福岡」

7月25日(金)に開かれるバイオインフォマティクス勉強会のご案内です。

《講師》
山口 昌雄 (アメリエフ株式会社 代表取締役社長)

《内容》
お手持ちのPC(Mac/Linux)でNGS解析を始めたい方に、公開データを用いたデータ解析手法をご紹介します。また、精度の高い解析結果を出すためにポイントとなる、フリーソフトの使い方やコマンド操作など実例を交えてご紹介いたします。なお、ご紹介する解析パイプラインは1000 Genomes Projectで用いられた、実績のある手法です。本セミナーでご紹介するコマンドはお配りする資料にすべて記載してありますので、お持ち帰りいただき、ぜひNGS解析を始めていただきたいと思います。会場にはささやかですがソフトドリンクとお菓子のコーナーをご用意しております。
ご質問などございましたら、お近くのスタッフまでいつでもお気軽にご相談ください。

日時 2014年7月25日(金) 15:30-17:00
(受付開始 15:00〜)
場所 博多バスターミナル 第五ホール(福岡県福岡市博多区博多駅中央街2−1)
地図 http://www.f-kc.jp/etc/access.html
定員 54名
参加費 1,000円(消費税込)
対象 これからExome解析を始める方/Linux初心者の方
形式 講義形式(実習はございませんのでPCは不要です)

テキスト代を頂戴しております。プロジェクターで投影しながら進行していきます。
電源やネット環境のご準備はございませので、予めご了承ください。
参加をご希望の方は、下記URLのお問い合わせページからお早めにお申し込みください。

お申込みはこちら⇒ http://goo.gl/eE9Fq1

みなさまとお会いできることを楽しみにしています。ご意見・ご質問・リクエスト等ございましたら、遠慮無くご連絡ください。

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