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2024.10.01
空間的遺伝子発現解析（VisiumHD）｜WET&DRY解析【受託解析キャンペーン】
論文作成には欠かせない
パスウェイ･GO解析
擬似系譜解析
まで込みのスペシャルプライス
2サンプル340万円（税抜）
※詳細は価格表をご参照ください
▼データ解析の専門家による報告会の様子をご覧ください▼
サービス内容
【WET】空間的遺伝子発現解析| ○ FFPEブロックからのスライド作製（提携病理会社へ依頼）、HE染色、切片からのRNA抽出・品質検定（DV200％測定） |
| ○ Visium HD（10x Genomics社）を用いたライブラリー作製 |
| ○ NovaSeq（イルミナ社）次世代シーケンサーを用いたシーケンス |
| ○ 解析レポート、中間報告および最終報告（手法解説、結果解釈のディスカッション） | ||
| ○ 発現定量解析（クオリティコントロール、正規化、データ統合、次元削減、クラスタリングおよびUMAP上の可視化・空間座標上の可視化、クラスタごとの特徴遺伝子の探索、着目遺伝子の発現量可視化（Feature plot, Violin plot） | ||
| ○ サンプル間比較解析（各クラスタにおけるサンプル間発現比較解析、Gene Ontology解析、Reactomeパスウェイ解析） | ||
| ○ 擬似系譜解析（Cell trajectoryの推定、Pseudotime の推定、着目遺伝子の発現パターン可視化） |
データ解析内容
※イメージ画像
サンプル要件 / 注意事項
サンプルタイプ：FFPEブロックまたはFFPEスライド
- 解析領域：6.5 mm x 6.5 mm
- 組解析検体数：2検体単位での受付
- 対応生物種：ヒト、マウス
- FFPEブロック／スライドは冷蔵にて保管・送付ください。
- FFPEスライドでご提供の場合は以下の点をご確認ください。
- スライド作製前に必ず発送スケジュールをご相談ください。スライド作製後は一定期間内に次のステップへ進める必要があります。
- 10x Genomics社推奨のスライドグラスを使用し、スライドの指定領域内に切片を添付ください（切片厚は5 μm）。
- RNAのDV200測定用に10 μm x 3枚の切片をご用意いただき、チューブにいれてご提供ください。
価格表（税抜）
| 製品名 | 価格 | |
|---|---|---|
| 空間的遺伝子発現解析 （Visium HD）WET＆DRY | 2サンプル | 340万円 （170万円/サンプル） |
| 4サンプル | 620万円 （155万円/サンプル） |
|
| 6サンプル | 870万円 （145万円/サンプル） |
|
- ※諸経費込みの総額費用
対応プラットフォーム一覧
アメリエフは多様な空間的遺伝子発現解析プラットフォームにWETから対応しております。
| メーカ | プラットフォーム | 受け入れサンプルタイプ |
|---|---|---|
| 10x Genomics社 | Xenium | お問い合わせ（データ解析に関してはこちら） |
| 10x Genomics社 | Visium HD | FFPEブロックまたはFFPEスライド |
| GCATbio社 | Stereo-seq™ | OCT凍結包埋新鮮組織 |
| NanoString社 | CosMx™ | FFPEブロックまたはFFPEスライド |
ご利用の流れ
- 研究目的、サンプル情報をヒアリングし、お見積りを作成します。
- ご発注後、サンプルを準備いただき、シーケンスを行います。
- 中間報告会にて、途中結果の報告および解析方針の確認、内容についてのディスカッションを行います。
- 最終報告会にて、結果の報告および内容について、ご報告します。