アメリエフ株式会社

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CUT&RUN-seqの受託解析サービスを開始しました

アメリエフ株式会社(本社:東京都港区、代表取締役:山口昌雄、以下 アメリエフ)は、CUT&RUN-seqの受託解析サービスを開始いたします。

【背景】
CUT&RUN (Cleavage Under Target & Release Using Nuclease) は、DNAとタンパク質の相互作用を解析する技術です。2021年1月に開催したCUT&RUN-seqに関するセミナーも非常に多くの反響をいただき、バイオインフォマティクストレーニングもご好評をいただいております。
このたび上記の反響を受けて、「CUT&RUN-seqの受託解析サービス」を開始する運びとなりました​ので、お知らせいたします。

【サービス名】
CUT&RUN-seqの受託解析サービス
https://amelieff.jp/cutandrunseq/

【サービスの特徴】
・お客様の研究目的に沿って「モチーフ検出(別途有料オプション)」などの高次解析にも対応致します。
・CUT&RUN-seq解析の実績豊富な専門家が中間・最終報告を実施し、解析結果を解釈も含め丁寧にご説明いたします。

【メリット】
・CUT&RUN-seqの高次解析をすることで、論文用の図表作成にご活用いただけます。
・中間報告では、解析結果をもとに最終的な解析方針を確認するため、想定通りの報告書を得ることができ、再依頼による時間・金銭的コストがかかりません。
・最終報告で解釈を含めて丁寧にご説明いたしますので、「結果の見方がわからない」といった困りごとを避けることが可能です。

ご興味のある方は、こちらよりお気軽にご連絡ください。

<お問い合わせ先>
アメリエフ株式会社
コーポレート部門 広報担当
E-mail:pr@amelieff.jp

【雑誌】「日経ビジネス」にて弊社が「健康・医療」分野で新しい市場をつくる会社(12社)に選ばれました。

雑誌:日経ビジネス(2021年4月30日)にて、
コロナ下のニッポンを救う 「未来の市場をつくる100社」のうち、「健康・医療」分野で新しい市場をつくる会社(12社)にアメリエフ株式会社が選出されました。
該当の記事では、新型コロナウイルス感染症の拡大に対し、DX(デジタルトランスフォーメーション)を推進し、急激な社会の変化に対応し、斬新かつ有望な新市場を生み出す企業がリストアップされています。

記事リンク:https://business.nikkei.com/atcl/gen/19/00163/040600064/

【厚生労働省委託事業】臨床におけるがんのゲノム解析研修会~がんゲノム医療の基礎と実践的バイオインフォマティクス~

このたび、厚生労働省委託事業「がんの全ゲノム解析に関する人材育成推進事業」の取り組みとして、『臨床におけるがんのゲノム解析研修会~がんゲノム医療の基礎と実践的バイオインフォマティクス~』をWeb形式にて開催する運びとなりました。ご多用のこととは存じますが、是非ご参加賜りたくご案内を申し上げます。

■概要

2019年6月にがん遺伝子パネル検査が保険適用され、がんゲノム医療が実装されているなか、「経済財政運営と改革の基本方針2021」(骨太方針2021)においても、全ゲノム解析等実行計画に係る全ゲノム解析等のさらなる推進が求められています。
その中でも、バイオインフォマティックスに係る人材育成は重要な課題の一つです。
医療現場に携わる方々を対象にバイオインフォマティクスに関する基礎的な知識(入門編)および、それをもとにした発展的な知識(応用編)を習得できるように、バイオインフォマティックスに係る日本トップレベルの有識者の監修のもとで作成したテキストの解説・質疑応答を実施するWeb研修会を開催予定です。
がんゲノム医療中核拠点病院および拠点病院をはじめとする医療機関に勤務されている医療従事者を主な対象としています。

■応募方法

参加お申し込みは、下記URLからご記入ご登録ください。(応募期限:2021年9月24日)
参加されない場合でもアンケートへご協力をお願いいたします。
アンケートでは、次年度以降の開催要望やがんゲノム医療に関わる人材育成でのお困りごと等をお聞きし、今後の取り組みの検討に活用させていただきます。
https://forms.gle/wMg35Mn2vv2Mxz8n8

■日程

<入門編>2回開催予定(各回同じ内容)
2021年11月06日(土) 13:00~17:00 (4時間)
2021年11月14日(日) 13:00~17:00 (4時間)
<応用編>4回開催予定(各回同じ内容)
2021年11月20日(土) 13:00~19:00 (6時間)
2021年11月28日(日) 13:00~19:00 (6時間)
2021年12月05日(日) 13:00~19:00 (6時間)
2021年12月18日(土) 13:00~19:00 (6時間)

■参加費

無料

■研修内容

研修会詳細については、以下の掲載内容をご覧ください。

『臨床におけるがんのゲノム解析研修会~がんゲノム医療の基礎と実践的バイオインフォマティクス~』より詳細な研修会の情報は、以下リンク先の募集要項資料(pdfファイル)をご覧ください。
https://phchd.box.com/s/nv94kv1t0ucijl5latuty7glsqr4cykk

<入門編>
バイオインフォマティクスの経験のない方も対象として、がんゲノム医療に関する基礎的な知識を習得する内容となります。
1.がんゲノム医療概論
2.サンプル調整
3.遺伝学的検査とNGSのメリット
4.がんゲノムデータの1次解析
5.1次解析から得られた結果の臨床的な意義づけ
6.臨床におけるがんゲノム医療(抗がん剤選択、治験情報活用)
7.がんゲノム医療データベースの活用とデータ共有
<応用編>
実際に実務で解析等を行う方、解析手順を把握しておきたい方を対象として、解析手順を習得する内容となります。 入門編ウェビナーの範囲の基礎的な知識を有する方の参加を推奨いたします。
各自PCを用いた実習も含んだ実践的なプログラムです。
1.Linux入門(コマンド、ソフトインストール、awkなど)
2.公開DB活用
3.データ解析基礎(Wet含めた品質管理とVCF作成)
4.データ解析応用(VCFファイルへのアノテーション、公開DBとの連携やフィルタリング)
5.データ解析発展(解釈や論文参照など)

※章タイトル・構成などが変更になる場合がございます。

■お問い合わせ

研修会申し込みに関する問い合わせは、まずは以下リンク先のよくあるご質問(FAQ)をご覧下さい(随時更新予定)
https://phchd.box.com/s/8mhhh4tc9lcoernykd8khobtjx056wtx

上記で解決しないご質問に関しましては、下記よりお問い合わせください。
アメリエフ株式会社 「令和3年度がんの全ゲノム解析に関する人材育成推進事業」 事務局
pj-pmo-amelieff-hrdevelop@ml.phchd.com

ロングリードシーケンサー向け解析パッケージをリリースしました

 アメリエフ株式会社(本社:東京都港区、代表取締役:山口昌雄、以下 アメリエフ
は、これまで次世代シーケンサー向け解析パッケージとして、各社シーケンサーに最適化した解析システムのご提案と導入支援、アフターサポートを提供し、ご好評をいただいています。この度、新たにGPU搭載サーバが「ロングリードシーケンサー向け解析パッケージ」のラインナップに加わりましたのでお知らせいたします。

【背景】
近年、DNAシーケンサー技術の発展により大量のデータが安価かつ短時間に入手できる時代が到来し、特に安価なロングリードシーケンサーは世界的に急速に普及しています。同時に「シーケンサー導入を検討しているがどのような解析サーバーがよいかわからない」「導入したが解析ツールが使いこなせない」「解析はできているが、高速化や多種類の解析に対応したい」などの要望が高まっています。
そこで、アメリエフではロングリードシーケンサー向けに、環境導入から日々の解析運用まで一貫したサポートを行う、解析パッケージを提供することとなりました。

【サービス名】
ロングリードシーケンサー向け解析パッケージ
https://amelieff.jp/nanopore_server/

【サービスの特徴】
・用途に合わせた解析サーバーをご提供し、ソフトウェアのインストールを支援
・GPUを用いた高速化や、用途に合わせたカスタムサーバにも対応
・解析の基本を学びをスタートできるまでチュートリアルを実施
・データ解析の専門家が解析テーマに応じたご支援をコンサルテーション(ゴールドプランの場合)

【メリット】
・環境導入から解析まで一貫してサポートするので、ロングリードシーケンサーを初めて導入される場合も安心です。
・多種類の解析用途に対応、短時間に大量の解析処理が必要、など用途に応じて最適なサーバー構成をご提案します。

<お問い合わせ先>
アメリエフ株式会社
コーポレート部門 広報担当
E-mail:pr@amelieff.jp

希少疾患・難病領域の全ゲノムクリニカルシーケンス実現に向けて【タカラバイオ・アメリエフ合同セミナー】

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概要

 希少疾患・難病領域における診断は困難な場合が多く、英国及び米国における正確な確定診断までの平均期間は5~7年とされています。この現状を解決すべく、未診断疾患イニシアチブ(IRUD)を通した診断確定のための研究プロジェクトが推進されており、新規の疾患原因の特定や40%のケースで診断確定に至るなどの成果が得られています。
 しかし、厚生労働省の難治性疾患等政策研究事業の報告書によると、いくつかの課題(潜在的に多数の患者がIRUDプロジェクトの対象外、診療として事前に遺伝学的検査を行うことが困難、IRUDの研究結果を診療につなぐための遺伝学的検査が求められる、など)が存在することから、次世代シーケンサ(NGS)に基づく網羅的な検査の必要性が指摘されています。

 本セミナーでは、網羅的な遺伝子検査に必要となる全ゲノムデータ(WGS)・全エクソームデータ(WES)を利用した遺伝子パネル検査の社会実装に向け、それらのデータを想定したパネル検査の設計、データ管理、精度管理の有り方など、希少疾患・難病の診断確定に重要と思われる課題への具体的な提案を行います。

プログラム

16:30〜16:35 開会のご挨拶
アメリエフ株式会社 代表取締役社長 山口 昌雄
16:35〜17:00 研究から臨床につなぐ網羅的な難病遺伝子パネル検査の提案
(希少疾患・難病の診断確定に向けて)

アメリエフ株式会社 高野良治
17:00〜17:25 高品質全ゲノムシーケンスデータ産出のための取組み
タカラバイオ株式会社 猪塚彬土
17:25〜17:30 質疑応答

開催要項

日程 2021年10月7日(木) 16:30~17:30
場所 オンライン ※前日中に参加用URLをお知らせいたします。
定員 500名
参加費 無料
申込方法 こちらのフォームよりお申し込みください。
申し込み締切:10月6日(水) 12:00まで
主催 タカラバイオ株式会社アメリエフ株式会社
日本人類遺伝学会第66回大会に参加いたします

アメリエフ株式会社は、2021年10月13日(水)~16日(土)に開催される日本人類遺伝学会第66回大会にて、口頭発表いたします。

日本人類遺伝学会第66回大会

HP 日本人類遺伝学会第66回大会
https://www.jshg-jsgdt2021.org
日時 2021 年10 月16 日(土)13:50~14:40
場所 パシフィコ横浜 会議センター
〒220-0012 神奈川県横浜市西区みなとみらい1-1-1
第4会場(303)
一般口演16 テーマ:遺伝医療・ゲノム医療
口頭発表 『全ゲノム検査による難病の診断確定率向上を目的としたプラットフォーム構築の実証検証』
【背景】
難病領域におけるゲノム検査は、その希少性のため、研究として実施されることも多いが、
難病の診断における全ゲノム検査の活用に向けた計画が、内閣府や厚生労働省において策定されており、
今後は全ゲノム検査が、より一般的な臨床検査になっていくことが想定される。
この実現のためには、全ゲノム検査による疾患原因の検出力や精度を最大化しつつも、
データ解析や診断の効率化を図ることも重要となってくる。

【課題】
全ゲノム検査の場合、適切なフィルタリングを行ったとしても多数の疾患原因候補のゲノム変異が検出され、診断確定が容易ではない。また疾患原因に関する知見は増大し続け、ゲノム変異の臨床的意義が変更される場合もあるため、現時点で4割程度に留まる診断確定率をさらに向上させるためには、これらにも対応する必要がある。さらに未診断の場合は、海外の類似患者との相互参照も必要となるなど、日本と海外の疾患概念の対応関係の整備も重要となる。

【目的】
難病領域における全ゲノム検査の効率化と診断確定率の向上を実現するプラットフォーム構築に向け、公共DBや公開ツールを最大限活用する形で、上記の課題解決に向けたシステム的な対応が可能かの実装検証を行った。

【方法】
患者のVCFファイルを管理しつつ定期的に臨床レポートを作成・再解析し、診断に影響し得る更新情報を自動検知するシステムを構築した上で、さらに以下の公共DBや公開ツール、仕組みを統合する実装検証を行った。
①HPOオントロジーデータを活用した患者症状から原因遺伝子の予測ツール
②日本語と海外の疾患名概念を対応付けるDB
③検査目的ごとの解析対象遺伝子群やフィルタリング条件の動的設定の仕組み

【結果】
サンプルVCFデータを用い、上記①~③を含めた一連のシステムとして実現可能なことを検証し、難病領域における全ゲノム検査の効率化と診断確定率の向上に寄与し得るプラットフォーム構築に向けた実現性を確認した。

会期終了後、ライブ録画の配信予定です。
(2021年10月28日(木) 正午~11月30日(火) 17:00)

学会に参加される方は、是非お立ち寄りください。

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