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第97回バイオインフォマティクス勉強会「空間的遺伝子発現解析(Xenium)」

 アメリエフは創業当時より「バイオインフォマティクスの活用を促進し研究を加速させる」ミッションを掲げ、定期的に勉強会を開催しています。
 専門用語や解析手法の概要に加え、理解に迷いがでやすい箇所を中心に、研究で空間的遺伝子発現解析を利用される方に向けた内容となっておりますので、今後の研究にぜひお役立ていただければと思っております。
 今回は、「空間的遺伝子発現解析」をテーマに開催いたします。

【講義内容】
 Xeniumを用いた空間的遺伝子発現解析を研究に取り入れたい研究者を対象に、バイオインフォマティクスの流れをご紹介します。具体的には、クオリティコントロール、正規化とクラスタリング、遺伝子発現の可視化、マーカー遺伝子の探索、そしてパスウェイ解析やGO解析といった高次解析の結果と解釈の方法を解説いたします。
 勉強会では、空間的遺伝子発現解析結果を受領後にデータ解析をすすめるためのポイントと、その難易度をつかんでいただけるよう専門用語から丁寧に解説いたします。

【こんな方におすすめ】
・空間的遺伝子発現解析の外注を予定されている方
・空間的遺伝子発現解析を研究で利用したい方
・オミクス解析に興味のあるアカデミアや企業の研究者

勉強会終了後には、実際に解析を行っている技術者との無料相談会を実施いたします。
無料相談のご要望が多いため、初めてご相談される方のみの、完全予約制とさせていただいております。
お申込みの際にご希望をご記入ください。

開催要項

 
テーマ 空間的遺伝子発現解析(Xenium)
講師アメリエフ株式会社 代表取締役CEO 山口昌雄
日程2025年1月30日(木)17:00-17:30
場所オンライン(Zoom)
定員300名
定員を超えた場合、お申し込みを受け付けられない場合がございます。予めご了承ください。
参加費無料
申込締切2025年1月29日(水)12:00
主催アメリエフ株式会社

お申込みフォーム

※お申込みを締め切りました。
 またの機会にご参加をお待ちしております。

※同業他社さまにはご参加をご遠慮頂いております。
 申し訳ございませんが、ご理解のほど宜しくお願い致します。
TogoTVにて「Nextflowによるオミクス研究の仕組化」動画が公開されました

2024年11月13日に開催されたイベント「クラウドを活用したゲノミクス環境の構築」から、アメリエフ株式会社代表の山口による「Nextflowによるオミクス研究の仕組化 ~空間的遺伝子発現解析への対応事例~」の講演動画が、TogoTVにて公開されましたのでお知らせいたします。

本講演では、様々な解析を効率よく進めるためのワークフロー言語の一つであるNextflowについて、RNA-SeqやシングルセルRNA-Seqとともに、空間的遺伝子発現解析の実例を元に紹介しています。

動画を見る

Nextflowによるオミクス研究の仕組化
最新研究事例セミナー「空間的遺伝子発現解析を用いた疾患原因探索」

最新研究事例セミナー「空間的遺伝子発現解析を用いた疾患原因探索」

概要

 最新研究事例セミナーは、第一線で活躍する研究者をお招きし、生命科学・医療分野の研究事例についてご講演いただくイベントです。研究や技術に携わる参加者のみなさまの日々の研究のヒントになるような内容を講演を通してお伝えしていきます。
 近年、組織における遺伝子発現の不均質性を捉える「空間的遺伝子発現解析(空間トランスクリプトーム解析)」が非常に注目されており、がんをはじめとする疾患の理解を深めることに貢献しています。
 本セミナーでは、理化学研究所 生命医学研究センター 笹川 翔太様より、「空間トランスクリプトーム解析を用いた脳動脈瘤の病態解明」についてご講演いただきます。続いて、アメリエフ社 代表の 山口昌雄より、複数の空間バーコード技術の特徴や公開データを用いた解析事例について紹介します。
※今回は2024年3月14日に実施したセミナーの録画配信となります。

プログラム

17:00~17:01 開会のご挨拶
17:01~17:27 空間トランスクリプトーム解析を用いた脳動脈瘤の病態解明
理化学研究所 生命医学研究センター 笹川 翔太様

脳動脈瘤は、くも膜下出血を引き起こしたり、大脳や脳幹部を圧迫したりするなど、生命を脅かす最も危険な脳卒中疾患の一つである。本研究では65個の脳動脈瘤組織(嚢状動脈瘤54症例と紡錘状動脈瘤11症例)およびペアの血液サンプルの全エクソームおよびディープターゲットシーケンシングならびに空間トランスクリプトミクス解析を行い、脳動脈瘤の病態解明を行った。本公演では、その研究成果を報告する。
17:27~17:53 空間的遺伝子発現解析の公開データを用いた解析事例
アメリエフ株式会社 代表取締役社長 山口 昌雄

空間的遺伝子発現解析は新しい技術であり、複数の空間バーコード技術が提供されています。本講演では、サンプル調製方法、解像度、検出範囲など、それぞれの特徴を踏まえた上でのバイオインフォマティクス解析や、公開データを用いた解析事例についてご紹介します。
17:53~18:00 質疑応答、閉会のご挨拶

開催要項

日程 2024年12月18日(水) 17:00~18:00
配信方法 Zoomウェビナー ※前日および開催1時間前に参加用URLをお知らせいたします。
定員 500名
参加費 無料
申込締切 2024年12月17日(火)12:00
主催 アメリエフ株式会社

セミナー終了後には、実際に解析を行っている技術者との無料相談会を実施いたします。
無料相談のご要望が多く、完全予約制とさせていただいておりますので、お申込みの際にご希望をご記入ください。

お申込みフォーム

※お申込みを締め切りました。
 またの機会にご参加をお待ちしております。

※同業他社さまにはご参加をご遠慮頂いております。
 申し訳ございませんが、ご理解のほど宜しくお願い致します。
年末年始休業のお知らせ

平素は格別のお引き立てをいただき厚くお礼申し上げます。
弊社では、誠に勝手ながら下記日程を年末年始休業とさせていただきます。

【年末年始休業期間】
2024年12月28日(土) ~ 2025年1月5日(日)

休業期間中にいただいたお問合せについては、営業開始日以降に順次回答させていただきます。
皆様には大変ご不便をおかけいたしますが、何卒ご理解の程お願い申し上げます。

第47回日本分子生物学会年会 出展のご案内

アメリエフは2024年11月27日(水)~29日(金)に福岡で開催される、第47回日本分子生物学会年会にて出展いたします。
ご来場の折にはぜひお立ち寄りください。

名称 第47回日本分子生物学会年会
HP https://www.aeplan.jp/mbsj2024/
期間 2024年11月27日(水)~29日(金)
場所 〒812-0031 福岡県福岡市博多区沖浜町7−1
マリンメッセ福岡/福岡国際会議場
展示場所 マリンメッセ福岡A館1階(展示会場1)86番ブース(屋台コーナー周辺)
展示内容 ・NGS解析ソフトウエア
・バイオインフォマティクス人材育成サービス
・バイオインフォマティクス受託解析
・コンサルティング、システム開発など

会場案内図

「クラウドを活用したゲノミクス環境の構築セミナー powered by AWS」にて登壇いたします

2024年11月13日(水)に開催される「クラウドを活用したゲノミクス環境の構築セミナー powered by AWS」にて、アメリエフ株式会社代表の山口が登壇いたします。

クラウドを活用したゲノミクス環境の構築セミナー
HP https://basepairtech.jp/bioinformatics_analysis_environment_on_cloud/
日時 2024年11月13日(水)14:00〜18:00
場所 〒153-0064 東京都目黒区下目黒1-8-1
AWS 目黒アルコタワー
対象 研究室主宰者・バイオインフォマティシャン・IT/インフラご担当
セッション
概要
Keynote:Real-Life Challenges in Genomics: Lessons from the Trenches(英語)
 Amit Sinha, CEO & Founder, Basepair Inc.
AWSのゲノミクスソリューション
 鳥羽 祐輔 (Yusuke Toba) アマゾン ウェブ サービスジャパン合同会社 エンタープライズ技術本部 ヘルスケア&ライフサイエンス部 ソリューションアーキテクト
WETもDRYも使えるクラウドバイオインフォマティクス環境
 薬師寺 秀樹 株式会社ASTRIDE
実験から論文までのNGS解析サービス
 土井 淳 株式会社セルイノベーター
Nextflowによるオミクス研究の仕組化 ~空間的遺伝子発現解析への対応事例~
 山口 昌雄 アメリエフ株式会社
ゲノミクスDev/Opsを実現するAWSアーキテクチャー
 tuart Davis, PhD. Basepair Inc.
タカラバイオ・アメリエフ共催セミナー「シングルセル遺伝子発現解析を活用した創薬ターゲット因子の同定に向けて」

タカラバイオ・アメリエフ共催 WET&DRYベストプラクティスセミナー「シングルセル遺伝子発現解析を活用した創薬ターゲット因子の同定に向けて」

概要

 WET&DRYベストプラクティスセミナーは、技術テーマに関する実験からデータ解析までの一連の技術をお伝えするイベントです。注目されている技術について、新規導入や製品を比較検討するために、効率よく情報収集されたいみなさまに概況やエッセンスをお伝えしていきます。
 近年、シングルセルレベルでの遺伝子発現解析の発展により、疾患メカニズムや薬剤のターゲット因子の同定をより高解像度に進めることができるようになりました。
 本セミナーでは、多数のシングルセル解析の実績を持つタカラバイオより、シングルセル解析を行うためのサンプル準備方法から解析実施例まで解説します。続いて、アメリエフよりバイオインフォマティクスの観点から、神経細胞のシングルセルRNA-seq解析データを例に、疾患の制御に関連する遺伝子の因果関係を推定するベイジアンネットワーク解析の限界や適用条件についてご紹介します。質問の時間を設けておりますので、シングルセルの実験からデータ解析まで幅広い情報を収集いただく機会としてご活用ください。
※今回は2024年8月7日に実施したセミナーの録画配信となります。

プログラム

17:00~17:01 開会のご挨拶
17:01~17:28 創薬プロセスに欠かせないシングルセル解析の活用
タカラバイオ株式会社 芦田 義裕

シングルセル遺伝子発現解析はこの10年で大きな技術進歩があり、解析細胞数や検出遺伝子数が増えています。最新の手法では、mRNAに対するキャプチャープローブを用いることで、凍結組織を固定化してから解析できるようになりました。これまで創薬研究における凍結組織の解析は困難でしたが、より簡便に解析できるようになりました。本セミナーで最新の手法についてサンプル準備方法など含めてご紹介します。
17:28~17:50 ベイジアンネットワーク解析を用いた創薬ターゲット因子推定手法の紹介
アメリエフ株式会社 山口 昌雄

神経細胞のシングルセルRNA-seq解析データを例に、先行研究の公開データを活用するためのデータ選定方法や解析方法をご紹介します。さらに、疾患関連遺伝子の因果関係を推定することを目指した試行的なベイジアンネットワーク解析の結果についてご紹介します。
17:50~18:00 質疑応答、閉会のご挨拶

開催要項

日程 2024年11月7日(木) 17:00~18:00
配信方法 Zoomウェビナー ※前日および開催1時間前に参加用URLをお知らせいたします。
定員 500名
参加費 無料
申込締切 2024年11月6日(水)12:00
主催 タカラバイオ株式会社・アメリエフ株式会社

セミナー終了後には、実際に解析を行っている技術者との無料相談会を実施いたします。
無料相談のご要望が多く、完全予約制とさせていただいておりますので、お申込みの際にご希望をご記入ください。

お申込みフォーム

※お申込みを締め切りました。
 またの機会にご参加をお待ちしております。

※同業他社さまにはご参加をご遠慮頂いております。
 申し訳ございませんが、ご理解のほど宜しくお願い致します。
空間的遺伝子発現解析Visium HD、Xenium対応の受託解析サービスを開始いたしました

 アメリエフ株式会社(本社:東京都港区、代表取締役:山口昌雄、以下 アメリエフ) は、研究テーマにそったデータ解析と、WEB報告会により結果の解釈を支援する次世代シークエンス受託解析サービスを提供しており、ご好評をいただいています。
 この度、空間的遺伝子発現解析プラットフォームとして、10x Genomics社の最新技術「Visium HD」および「Xenium」への対応を開始いたしましたのでお知らせいたします。

【背景】
 近年、組織における遺伝子発現の不均質性を捉える「空間的遺伝子発現解析」が非常に注目されております。「空間的遺伝子発現解析」は、組織における遺伝子発現を、細胞の位置情報を保ったまま捉えることができる技術です。組織切片画像と組み合わせて解析することで、従来のシングルセルRNA-seq解析では不明瞭であった組織中の細胞動態を、一細胞レベルで検出できます。特に、がんをはじめとする疾患の深い理解に繋がることから、病理学の分野で注目を集めています。
そこでアメリエフでは、今日最も注目を集めている10x Genomics社「Visium HD」「Xenium」に対応した、スライド作製からパスウェイ・GO解析、擬似系譜解析まで込みの受託解析サービスを提供することとなりました。

【サービス名】
Visium HD 空間的遺伝子発現解析(WET&DRY)

Xenium 空間的遺伝子発現解析(データ解析)

【サービスの特徴】

  1. スライド作製から論文作成には欠かせないパスウェイ・GO解析、擬似系譜解析まで込みの受託解析サービスです。
  2. 結果報告会を実施し、経験豊富なデータ解析の専門家が、解析結果の意味や解釈をご説明します。
  3. 解析結果の活用を丁寧にフォロー・サポートいたします。

本サービスは、受託解析キャンペーン(2024/10/1~2025/1/31)にてご利用いただけます。
ご興味のある方は、こちらよりお気軽にご連絡ください。

<お問い合わせ先>
アメリエフ株式会社
コーポレート部門 広報担当
E-mail:pr@amelieff.jp

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