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Yearly Archives｜ 2022年

2022.01.21
第56回バイオインフォマティクス勉強会「マーカー探索のためのシングルセルRNA-seq解析@オンライン」

アメリエフは創業当時より「バイオインフォマティクスの活用を促進し研究を加速させる」ミッションを掲げ、定期的にバイオインフォマティクス勉強会を開催しています。
バイオインフォマティクス勉強会は、データが解析されていく様子をバイオインフォマティシャンの目線で体験できるイベントです。
初学者のデータ解析に対する敷居を下げる工夫をしておりますので、エッセンスをお持ち帰りいただきお役立ていただけましたら幸いです。
今回は「マーカー探索のためのシングルセルRNA-seq解析」をテーマに開催いたします。

【講義内容】
シングルセルRNA-seqによる転写産物の発現量の定量や精度、群間比較の統計的な意味についてご説明します。また、さまざまな条件下で有意に発現が変動する遺伝子の抽出や、機能解析をする際の注意点を解説。
シングルセルRNA-seqを始めたい、データ解析の統計的な意味を知りたい、外注先から結果を受け取った後の目途を立てたいといったお悩みを解消します。

【こんな方におすすめ】
・細胞単位でRNA発現を見たい方
・シングルセルRNA-seqを始めたい方
・発現情報をもとにバイオマーカー探索をすすめたい方

勉強会終了後には、実際に解析を行っている技術者との無料相談会を実施いたします。
無料相談のご要望が多く、完全予約制とさせていただいておりますので、お申込みの際にご希望をご記入ください。

開催要項

　

　

　

　

　

　

　

　

　

　

　

　

　

　

　

　

テーマ マーカー探索のためのシングルセルRNA-seq解析
講師 アメリエフ株式会社　代表取締役CEO　山口昌雄
日程 2022年2月10日（木）16:00-16:30
場所 オンライン（teamsライブ）※前日中に参加用URLをお知らせいたします。
定員 300名
定員を超えた場合、お申し込みを受け付けられない場合がございます。予めご了承ください。
参加費 無料
申込方法 こちらのフォームよりお申し込みください。
申し込み締切：2022年2月9日(水) 17:00まで
主催 アメリエフ株式会社、PHCホールディングス株式会社

皆様のご参加をお待ちしております！

※短時間でエッセンスをつかんでいただくコンセプトでの開催となります。
　内容に、実行環境の準備や解析に必要な全コマンドは含まれませんので、ご了承ください。

2022.01.20
受託解析【お年玉キャンペーン】

2022お年玉キャンペーンのお知らせ

受託解析お年玉キャンペーン

シーケンスに加えて、論文作成には欠かせないデータ解析・作図まで込みのスペシャルプラン

キャンペーン期間：2022年2月28日お問い合わせまで

PacBio Hifi ロングリードシーケンス受託解析

ゲノムDNAからがんゲノム構造変異のビジュアライズまでワンパッケージでご提供：59万円/サンプル（税込649,000円）

  • PacBio Hifi ロングリードシーケンス
    • HiFiライブラリ調整、Sequel Ⅱ CCS Sequencing、ヒト用データ解析（SV,CNV）
    • バイオインフォマティクス

    • 解析レポート、中間報告、最終報告（手法解説、結果解釈のディスカッション）
    • Circos plot
    • 20サンプル以上の場合、パスウェイエンリッチメント解析

シーケンスデータをお持ちでデータ解析のみをご依頼したい方はこちら
ゲノムDNAからタンデムリピート比較までワンパッケージでご提供：53.8万円/サンプル（税込591,800円）

Aコース：トリオのタンデムリピートの探索

  • PacBio Hifi ロングリードシーケンス
    • HiFiライブラリ調整、Sequel Ⅱ CCS Sequencing、ヒト用データ解析（SV,CNV）
    • バイオインフォマティクス

    • 解析レポート、中間報告、最終報告（手法解説、結果解釈のディスカッション）
    • タンデムリピートの検出
    • 遺伝子アノテーション
    • トリオのタンデムリピート検出結果統合、健常者ー罹患者間で変化の度合いが大きいタンデムリピート探索

Bコース：疾患群共通のタンデムリピートの探索

  • PacBio Hifi ロングリードシーケンス
    • HiFiライブラリ調整、Sequel Ⅱ CCS Sequencing、ヒト用データ解析（SV,CNV）
    • バイオインフォマティクス

    • 解析レポート、中間報告、最終報告（手法解説、結果解釈のディスカッション）
    • タンデムリピートの検出
    • 遺伝子アノテーション
    • 疾患群のタンデムリピート検出結果統合、健常者ー罹患者間で変化の度合いが大きいタンデムリピート探索

シーケンスデータをお持ちでデータ解析のみをご依頼したい方はこちら

臨床研究向け発現解析の決定版

total RNAからのRNA-seq遺伝子発現量群間比較までワンパッケージでご提供5.9万円/サンプル（4Gb）（税込64,900円）

  • RNAシーケンス
    • ライブラリ調整、NovaSeq6000による（PolyA 4Gb/13.3Mぺアードリード）によるシーケンシング
    • バイオインフォマティクス

    • 解析レポート、中間報告、最終報告（手法解説、結果解釈のディスカッション）
    • 発現定量解析：マッピング、 発現定量、クラスタリング、ヒートマップ、20サンプル以上の場合は主成分分析
    • 二群間解析における発現量比較解析：二群間解析（Volcano plot、４組組み合わせまで）、クラスタリング、ヒートマップ、 主成分分析
    • 発現変動遺伝子の抽出
    • 特定遺伝子に着目した発現量の変化の可視化（Box plotなど）
    • GO解析（Gene Ontology）、パスウェイ解析、20サンプル以上の場合はWGCNA（重み付け遺伝子共発現ネットワーク解析）

シーケンスデータをお持ちでデータ解析のみをご依頼したい方はこちら

シングルセル化した細胞からのシングルセルRNA-seq発現変動遺伝子解析までワンパッケージでご提供100万円/サンプル（税込1,100,000円）

Aコース：発現変動遺伝子の群間解析

  • シングルセルRNA-seq
    • 10xゲノミクスChroniumコントローラーでのシングルセル化された細胞からのRNA-Seqライブラリー調整、NovaSeq6000による120Gbのシーケンシング、Cell Rangerによる解析
    • バイオインフォマティクス

    • 解析レポート、中間報告、最終報告（手法解説、結果解釈のディスカッション）
    • Cell type同定に使用するマーカー遺伝子の検討
    • GO解析（Gene Ontology）、パスウェイ解析

Bコース：細胞分化に関わる発現変動遺伝子解析

  • シングルセルRNA-seq
    • 10xゲノミクスChroniumコントローラーでのシングルセル化された細胞からのRNA-Seqライブラリー調整、NovaSeq6000による120Gbのシーケンシング、Cell Rangerによる解析
    • バイオインフォマティクス

    • 解析レポート、中間報告、最終報告（手法解説、結果解釈のディスカッション）
    • 疑似系譜解析（Cell trajectoryの推定、マーカー遺伝子の検討）
    • 遺伝子アノテーション
    • GO解析（Gene Ontology）、パスウェイ解析

シーケンスデータをお持ちでデータ解析のみをご依頼したい方はこちら

※サンプル要件、サンプル送付方法、注意事項等は飛び先サイトの情報をご参照ください。

2022.01.06
ロングリードシーケンサーで切り開く疾患ゲノム解析【アメリエフ・ノボジーン・理科研共催セミナー】

概要

がんや精神疾患、希少疾患・難病研究など、疾患ゲノム解析における原因解明への新たな解析手法として、ロングリードシーケンサーが注目されています。
ロングリードで解析を行うことで、構造変異や大きな挿入・欠失、ハプロタイプの解析、リピートの解析など、ショートリードでは完全にカバーすることが難しかったゲノム異常の検出が可能になります。
様々なゲノム情報のバリエーションを考慮した臨床研究が積極的に行われており、疾患原因の解明、発症や重症化予測、治療や創薬のマーカー探索への活用が期待されています。
本セミナーでは、ロングリードシーケンサーによるゲノム解析をはじめるために、必要な基礎知識や流れ、押さえておきたいポイントを、実験からデータ解析までを解説いたします。
一般的な手法を知りたい、必要なコストやツールや、難易度を把握したい方に向けたセミナーです。

プログラム

16:00～16:05 ご挨拶
16:05～16:40 臨床研究で活用が広がるロングリードシーケンスのデータ解析
アメリエフ株式会社 代表取締役社長 山口昌雄
がんにおける体細胞変異および構造変異の検出やアノテーション、公開データベースを活用した解析についてご説明します。
また、変異が集積している遺伝子の探索による特定の疾患群の傾向把握や、臨床情報と組み合わせたオミクス解析による重症化マーカー探索の手法について解説します。
さらに、希少遺伝性難病の未解明の症例の原因究明には、全ゲノム解析によるリピート配列解析、ゲノム構造異常解析が極めて有力な研究手段となることが知られています。
今後の診断を見据えた臨床研究が期待されるロングリードデータ解析についても解説します。
16:40～16:55 ロングリードシーケンスをお得に使える受託サービス
ノボジーン株式会社 代表執行役社長 片桐友二
ノボジーンは世界最大規模のNGSサービスプロバイダーです。
ロングリードアプリケーションではPacBio社など最新のロングリードシーケンスプラットフォームを備えており、さらにグローバルの受託ニーズに応えられるよう十分なキャパシティーを誇っております。
本セミナーではノボジーンのサービス体制のご案内と、本セミナー受講者限定の特別割引のご紹介をさせて頂きます。
16:55～17:00 質疑応答

開催要項

日程 2022年 01月 27日（木）16:00 ～17:00
場所 Zoomにてオンライン開催
定員 80名
参加費 無料
申込方法 こちらのサイトよりお申し込みください。
※外部サイトへ移動します
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