平素は、弊社の製品をご愛顧いただきまして誠にありがとうございます。
この度、アメリエフで開発・販売しておりますNGS解析ソフトウェア「Amelieff Quick Start Package」につきまして、2024年6月1日より販売価格を改定いたしましたのでお知らせいたします。
永続版PC用ライセンス （改定前）250,000円 → （改定後）300,000円 ※税別価格
今後もより一層の品質・サービスレベルの向上に取り組み、お客様の研究のお役に立てますよう日々精進して参ります。
何卒ご理解いただけますよう、よろしくお願い申し上げます。
WET&DRYベストプラクティスセミナーは、技術テーマに関する実験からデータ解析までの一連の技術をお伝えするイベントです。注目されている技術について、新規導入や製品を比較検討するために、効率よく情報収集されたいみなさまに概況やエッセンスをお伝えしていきます。
近年、組織における遺伝子発現の不均質性を捉える「空間的遺伝子発現解析」が非常に注目されており、がんをはじめとする疾患の理解を深めることに貢献しています。そこで、昨年11月に開催したVisiumによる空間的遺伝子発現解析に引き続き今回は「Stereo-seq™ではじめる空間的遺伝子発現解析」というテーマでのセミナーを開催します。
まず、空間的遺伝子発現解析を実現するStereo-seq™の解析サービスを提供するアゼンタより、Stereo-seq™の特徴やその活用に向けた要点を解説します。続いて、アメリエフより、空間発現の公開データを用いて、バイオインフォマティクス解析の進め方や要点について紹介します。質問時間を設けますので、実験からデータ解析まで幅広い情報を収集いただく機会としてご活用ください。
※今回は2024年4月25日に実施した勉強会の録画配信となります。
| 17:00～17:01 | 開会のご挨拶 |
|---|---|
| 17:01～17:22 | 組織空間遺伝子発現解析 Stereo-seq™の特長、実験概要と実例 アゼンタ株式会社 プリンシパルサイエンティスト 加藤 政臣 様 1細胞以下の検出感度を持つ、高解像度組織空間遺伝子発現解析Stereo-seq™の特長を他の技術プラットフォームとの比較を交え、ご案内します。また、腫瘍組織に浸潤する免疫細胞の代謝機構の解析など、Stereo-seq™の技術を使った実例をご紹介します。 |
| 17:22～17:43 | 公開データを用いた空間的遺伝子発現データの解析方法の紹介 アメリエフ株式会社 代表取締役社長 山口 昌雄 空間的遺伝子発現解析の具体的な事例をもとにバイオインフォマティクスの観点から、基礎解析～高次解析までの概要を解説します。特に、Stereo-seq™の活用と、シングルセル解析と比較した際のメリット・デメリットに焦点を当ててご紹介します。 |
| 17:43～18:00 | 質疑応答、閉会のご挨拶 |
| 日程 | 2024年6月18日(火) 17:00～18:00 |
|---|---|
| 配信方法 | Zoomウェビナー ※前日および開催１時間前に参加用URLをお知らせいたします。 |
| 定員 | 500名 |
| 参加費 | 無料 |
| 申込締切 | 2024年6月17日（月）12:00 |
| 主催 | アメリエフ株式会社 |
アメリエフは創業当時より「バイオインフォマティクスの活用を促進し研究を加速させる」ミッションを掲げ、定期的にバイオインフォマティクス勉強会を開催しています。
バイオインフォマティクス勉強会は、データが解析されていく様子をバイオインフォマティシャンの目線で体験できるイベントです。
初学者のデータ解析に対する敷居を下げる工夫をしておりますので、エッセンスをお持ち帰りいただきお役立ていただけましたら幸いです。
今回は、「論文執筆のためのバイオインフォマティクス入門」をテーマに開催いたします。
勉強会終了後には、実際にお客様の人材育成をサポートしている担当者との無料相談会を実施いたします。
無料相談のご要望が多いため、初めてご相談される方のみの、完全予約制とさせていただいております。
お申込みの際にご希望をご記入ください。
| テーマ | 論文執筆のためのバイオインフォマティクス入門 |
|---|---|
| 講師 | アメリエフ株式会社 代表取締役CEO 山口昌雄 |
| 日程 | 2024年6月6日（木）17:00-17:30 |
| 場所 | オンライン（Zoom） |
| 定員 | 300名 定員を超えた場合、お申し込みを受け付けられない場合がございます。予めご了承ください。 |
| 参加費 | 無料 |
| 申込締切 | 2024年6月5日（水）12:00 |
| 主催 | アメリエフ株式会社 |
基礎 1科目4.0万円/名（税抜）
応用 1科目6.8万円/名（税抜）
※アカデミア限定、３名様でご受講の場合
この春、新しい研究テーマに取り組むみなさまのバイオインフォマティクス技術習得を支援するため「新年度トレーニングキャンペーン」を実施いたします。解析サーバで解析を行うためのITインフラ領域の基礎科目と、実践的な課題解決の技術習得を目的とした応用科目を特別価格でご受講いただけます。
| 対象期間 | 2024年4月1日(月)～6月28日(金) ご発注まで |
| キャンペーン割引対象 | Linux入門50％OFF、下記記載の応用科目20～10％OFF（受講人数に応じて） |
| 実施形式 | オンライン |
| 注意事項 | 訪問トレーニング、概論セミナーは対象外。プログラミング領域は対象外 |
|
「OPEN ▼」すると、トレーニング科目の詳細が表示されます。
| Linux入門 | 学習目的 | 多くの解析の基盤となるLinux操作技術を、バイオインフォマティクスに必要十分なレベルで習得 |
|---|---|---|
| 講義内容 | Windows, Macとは異なるOSのディレクトリ構造の理解、テキストファイル加工、ソフトウェアインストールなど |
| RNA-seq解析 | 学習目的 | RNA-seq解析による発現変動遺伝子の検出、二群間比較の習得 |
|---|---|---|
| 講義内容 | 公開シーケンスデータを用いたオープンソースソフトウエアによる、QCからGO・パスウェイエンリッチメント解析までの実践的な実習 | |
| マイクロアレイを 用いた 発現解析 |
学習目的 | Rによるマイクロアレイを用いた発現解析技術の習得 |
| 講義内容 | 公開データを用いたオープンソースソフトウエアによる、アレイデータの正規化、発現変動解析、クラスタリング、ヒートマップ作図などの実践的な実習 | |
| 遺伝性変異解析 | 学習目的 | WGS・WESの遺伝性変異解析による遺伝子変異・多型解析技術の習得 |
| 講義内容 | 公開シーケンスデータを用いたオープンソースソフトウエアによる、germline変異の検出・フィルタリング・アノテーションなどの実践的な実習 | |
| ゲノムワイド 関連解析 （GWAS） |
学習目的 | case, controlのSNPアレイデータを用いたゲノムワイド関連解析（GWAS）技術の習得 |
| 講義内容 | 公開データを用いたPLINK、Rによる、case-control関連解析やアノテーション、層別解析などの実践的な実習 | |
| メタゲノム解析 | 学習目的 | QIIME2を用いたメタゲノム解析技術を習得 |
| 講義内容 | 公開シーケンスデータを用いたオープンソースソフトウエアによる、系統樹作成やTaxon分類、多様性解析などの実践的な実習 | |
| ATAC-seq解析 | 学習目的 | ATAC-seq解析技術の習得 |
| 講義内容 | 公開シーケンスデータを用いたオープンソースソフトウエアによる、QCからピークアノテーション、モチーフ探索までの実践的な実習 | |
| ChIP-seq解析 | 学習目的 | ChIP-seq解析技術の習得 |
| 講義内容 | 公開シーケンスデータを用いたオープンソースソフトウエアによる、QCからピークアノテーション、モチーフ探索までの実践的な実習 | |
| CUT&RUN-seq解析 | 学習目的 | CUT&RUN-seq解析技術の習得 |
| 講義内容 | 公開シーケンスデータを用いたオープンソースソフトウエアによる、QCからピークアノテーション、モチーフ探索までの実践的な実習 |
おすすめの科目構成
大学臨床研究医（事前学習併用型トレーニング受講）
国立研究所研究員（同時双方向型トレーニング受講）
国立研究所研究員（事前学習併用型トレーニング受講）
論文作成には欠かせない
パスウェイ解析
擬似系譜解析
まで込みのスペシャルプライス
196万円/サンプル（税抜）
※1サンプルの場合の価格、
詳細は価格表をご参照ください
| ○ Stereo-seq™ 技術（STOmics®）を用いた空間座標バーコーディングと遺伝子発現測定 |
| ○ MGI社 DNBSEQ-G400、またはT7によるシーケンシング（10-15M paired-end reads/検体） |
| ○ 解析レポート、中間報告および最終報告（手法解説、結果解釈のディスカッション） | ||
| ○ 発現定量解析（クオリティコントロール、正規化、データ統合、次元削減、クラスタリングおよびUMAP上の可視化・空間座標上の可視化、クラスタごとの特徴遺伝子の探索、着目遺伝子の発現量可視化（Feature plot, Violin plot） | ||
| ○ サンプル間比較解析（各クラスタにおけるサンプル間発現比較解析、Gene Ontology解析、Reactomeパスウェイ解析） | ||
| ○ 擬似系譜解析（Cell trajectoryの推定、Pseudotime の推定、着目遺伝子の発現パターン可視化） |
| 製品名 | 価格 | |
|---|---|---|
| 空間的遺伝子発現解析 （Stereo-seq）WET＆DRY | 1サンプル | 196万円 |
| 2サンプル | 340万円 （170万円/サンプル） |
|
| 3サンプル | 498万円 （166万円/サンプル） |
|
| 4サンプル以上 | 580万円 （145万円/サンプル） |
|
論文作成には欠かせない
パスウェイ解析
擬似系譜解析
まで込みのスペシャルプライス
4サンプル260万円（税抜）
| ○ 10x Genomics社 Chromium Single Cell Gene Expression Flexによるライブラリ調製 |
| ○ Illumina社 NovaSeq6000による1.5億リード / サンプル のシーケンシング |
| ○ Cell Rangerによる発現定量 |
| ○ 解析レポート、中間報告および最終報告（手法解説、結果解釈のディスカッション） | ||
| ○ 発現定量解析（クオリティコントロール、正規化、データ統合、次元削減、クラスタリングおよびUMAP上の可視化、クラスタごとの特徴遺伝子の探索、着目遺伝子の発現量可視化（Feature plot, Violin plot）） | ||
| ○ サンプル間比較解析（各クラスタにおけるサンプル間発現比較解析、Gene Ontology解析、Reactomeパスウェイ解析） | ||
| ○ 擬似系譜解析（Cell trajectoryの推定、Pseudotime の推定、着目遺伝子の発現パターン可視化） |
| 製品名 | 価格 | |
|---|---|---|
| ①シングルセル遺伝子発現Flex WET&DRY | 4サンプル | 260万円 （65万円/サンプル） |
| 8サンプル | 500万円 （62.5万円/サンプル） |
|
| ②納品費 | クラウド納品 | 0.4万円/回 |
| HDD納品 | 4万円/台 | |
シングルセルRNAseqとは、細胞の遺伝子発現プロファイルを一細胞レベルで取得して観測する画期的な技術です。これまでのRNAseq解析では、観測対象が細胞集団であり、細胞集団における各遺伝子の"平均的な"遺伝子発現を測定していました。一方、scRNAseqは細胞集団内の個々のトランスクリプトームを捉え、細胞特異的な変化を同定することが可能になります。Science誌において2018年のBreakthrough of the Yearとしても選出された技術であり、近年盛んに研究に用いられています。
シングルセルRNAseqでは、細胞の生存率が非常に重要です。
死細胞が溶解すると周囲にRNAが遊離し、分析時のバックグラウンドノイズの一因となり、シングルセルデータの品質を著しく低下させるため、細胞の生存率を高める必要があります。一般的には生存率90%以上が推奨され、クリアな解析結果を得るためには、80%程度以上の生存率が必要です。
またライブラリ調整に際しては、細胞数が106以上であること、細胞サイズが直径 30μm以下であること、細胞を分離させておくことなどの条件をクリアする必要があります。
特定の細胞種ごとの遺伝子発現プロファイルを確認します。まず、データのクオリティを確認した上で、細胞をクラスタリングし、各クラスターごとに遺伝子発現の状態を把握するための一連の解析を行います。
１）がん組織の不均一性における薬物耐性の発生機序解明に関する研究
２）発生/分化分野での毛包形成研究
論文作成には欠かせない
パスウェイ解析
擬似系譜解析
まで込みのスペシャルプライス
103万円/サンプル（税抜）
※4サンプル以上の場合の価格、
詳細は価格表をご参照ください
| ○ 10x Genomics社 Chromiumによるライブラリ調製 |
| ○ Illumina社 NovaSeq6000による120Gbのシーケンシング |
| ○ Cell Rangerによる発現定量 |
| ○ 解析レポート、中間報告および最終報告（手法解説、結果解釈のディスカッション） | ||
| ○ 発現定量解析（クオリティコントロール、正規化、データ統合、次元削減、クラスタリングおよびUMAP上の可視化、クラスタごとの特徴遺伝子の探索、着目遺伝子の発現量可視化（Feature plot, Violin plot）） | ||
| ○ サンプル間比較解析（各クラスタにおけるサンプル間発現比較解析、Gene Ontology解析、Reactomeパスウェイ解析） | ||
| ○ 擬似系譜解析（Cell trajectoryの推定、Pseudotime の推定、着目遺伝子の発現パターン可視化） |
| 製品名 | 単価 | |
|---|---|---|
| ①scRNA-seq WET&DRY | 1~3サンプル | 110万円/サンプル |
| 4サンプル以上 | 103万円/サンプル | |
| ②納品費 | クラウド納品 | 0.4万円/回 |
| HDD納品 | 4万円/台 | |
| ③出張費 | 都度見積 | |
シングルセルRNAseqとは、細胞の遺伝子発現プロファイルを一細胞レベルで取得して観測する画期的な技術です。これまでのRNAseq解析では、観測対象が細胞集団であり、細胞集団における各遺伝子の"平均的な"遺伝子発現を測定していました。一方、scRNAseqは細胞集団内の個々のトランスクリプトームを捉え、細胞特異的な変化を同定することが可能になります。Science誌において2018年のBreakthrough of the Yearとしても選出された技術であり、近年盛んに研究に用いられています。
シングルセルRNAseqでは、細胞の生存率が非常に重要です。
死細胞が溶解すると周囲にRNAが遊離し、分析時のバックグラウンドノイズの一因となり、シングルセルデータの品質を著しく低下させるため、細胞の生存率を高める必要があります。一般的には生存率90%以上が推奨され、クリアな解析結果を得るためには、80%程度以上の生存率が必要です。
またライブラリ調整に際しては、細胞数が106以上であること、細胞サイズが直径 30μm以下であること、細胞を分離させておくことなどの条件をクリアする必要があります。
特定の細胞種ごとの遺伝子発現プロファイルを確認します。まず、データのクオリティを確認した上で、細胞をクラスタリングし、各クラスターごとに遺伝子発現の状態を把握するための一連の解析を行います。
１）がん組織の不均一性における薬物耐性の発生機序解明に関する研究
２）発生/分化分野での毛包形成研究
