アメリエフ株式会社

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月別アーカイブ｜ 2022年1月

2022.01.26
年度末解析キャンペーン

2021年度末解析キャンペーンのお知らせ　「ご希望の切り口での解析」「結果を受け取ったあとのアクション」などデータ解析のお悩みは、解析結果を研究に生かすことにフォーカスするアメリエフにご相談しませんか。

アメリエフの受託解析の特徴

一般的な受託解析 アメリエフの受託解析
解析データと報告書を納品 解析データと報告書に加え
・バイオインフォマティシャンによる報告書のご説明
・解析手法の解説
・結果解釈のディスカッション
・必要な追加解析のご提案
まで実施

キャンペーン内容

研究対象 データ バイオインフォマティクスメニュー
遺伝子発現量
群間比較		 RNA-seq解析 発現定量解析
¥ 10,000/サンプル　納期0.5か月（税込￥11,000）
二群間解析における発現量比較解析
¥ 20,000/サンプル　納期0.5か月（税込￥22,000）
発現変動
遺伝子解析		 シングルセル
RNA-seq解析		 発現変動遺伝子の群間解析
細胞分化に関わる発現変動遺伝子解析
￥218,000/サンプル　納期1か月（税込￥239,800）
がんゲノム
構造変異		 ロングリード
シーケンス解析		 がんゲノム構造変異のビジュアライズ
¥ 120,000/サンプル　納期1か月（税込￥132,000）
タンデム
リピート
比較解析		 ロングリード
シーケンス解析		 トリオのタンデムリピートの探索
疾患群共通のタンデムリピートの探索
¥ 120,000/サンプル　納期1.5か月（税込￥132,000）

シーケンスからデータ解析までをご依頼したい方はこちら

バイオインフォマティクスメニューの詳細

遺伝子発現量群間比較［RNA-seq解析］

  • 解析レポート、中間報告、最終報告（手法解説、結果解釈のディスカッション）
  • 発現定量解析：マッピング、 発現定量、クラスタリング、ヒートマップ、20サンプル以上の場合は主成分分析
  • 二群間解析における発現量比較解析：二群間解析（Volcano plot、４組組み合わせまで）、クラスタリング、ヒートマップ、 主成分分析
  • 発現変動遺伝子の抽出
  • 特定遺伝子に着目した発現量の変化の可視化（Box plotなど）
  • GO解析（Gene Ontology）、パスウェイ解析、20サンプル以上の場合はWGCNA（重み付け遺伝子共発現ネットワーク解析）

発現変動遺伝子解析［シングルセルRNA-seq解析］

Aコース：発現変動遺伝子の群間解析

  • 解析レポート、中間報告、最終報告（手法解説、結果解釈のディスカッション）
  • Cell type同定に使用するマーカー遺伝子の検討
  • GO解析（Gene Ontology）、パスウェイ解析

Bコース：細胞分化に関わる発現変動遺伝子解析

  • 解析レポート、中間報告、最終報告（手法解説、結果解釈のディスカッション）
  • 疑似系譜解析（Cell trajectoryの推定、マーカー遺伝子の検討）
  • 遺伝子アノテーション
  • GO解析（Gene Ontology）、パスウェイ解析

がんゲノム構造変異 ［ロングリードシーケンス解析］

  • 解析レポート、中間報告、最終報告（手法解説、結果解釈のディスカッション）
  • Circos plot
  • 20サンプル以上の場合、パスウェイエンリッチメント解析

タンデムリピート比較解析［ロングリードシーケンス解析］

Aコース：トリオのタンデムリピートの探索

  • 解析レポート、中間報告、最終報告（手法解説、結果解釈のディスカッション）
  • タンデムリピートの検出
  • 遺伝子アノテーション
  • トリオのタンデムリピート検出結果統合、健常者ー罹患者間で変化の度合いが大きいタンデムリピート探索

Bコース：疾患群共通のタンデムリピートの探索

  • 解析レポート、中間報告、最終報告（手法解説、結果解釈のディスカッション）
  • タンデムリピートの検出
  • 遺伝子アノテーション
  • 疾患群のタンデムリピート検出結果統合、健常者ー罹患者間で変化の度合いが大きいタンデムリピート探索

シーケンスからデータ解析までをご依頼したい方はこちら

2022.01.21
第57回バイオインフォマティクス勉強会「臨床研究のための遺伝性変異解析@オンライン」

アメリエフは創業当時より「バイオインフォマティクスの活用を促進し研究を加速させる」ミッションを掲げ、定期的にバイオインフォマティクス勉強会を開催しています。
バイオインフォマティクス勉強会は、データが解析されていく様子をバイオインフォマティシャンの目線で体験できるイベントです。
初学者のデータ解析に対する敷居を下げる工夫をしておりますので、エッセンスをお持ち帰りいただきお役立ていただけましたら幸いです。
今回は「臨床研究のための遺伝性変異解析」をテーマに開催いたします。

▼オンデマンド動画を視聴する▼

臨床研究のための遺伝性変異解析動画
【講義内容】
本セミナーでは、次世代シーケンサーから得られた変異情報に対する、臨床的な解釈や、疾患に特徴的な変異の抽出方法についてご説明します。
また、疾患原因の候補となる変異の抽出、公共データベースを用いたアノテーションと絞り込みをする際の注意点を解説。
シーケンサーの変異解析に関する、一般的な手法を知りたい、必要なツールと難易度を把握したい方に向けた入門セミナーです。

 

【こんな方におすすめ】
・臨床的な考察を行いたい方
・変異解析結果の解釈のためのポイントを理解したい方
・ゲノム変異解析の基本を復習したい方

勉強会終了後には、実際に解析を行っている技術者との無料相談会を実施いたします。
無料相談のご要望が多く、完全予約制とさせていただいておりますので、お申込みの際にご希望をご記入ください。

開催要項

テーマ 臨床研究のための遺伝性変異解析
講師 アメリエフ株式会社　代表取締役CEO　山口昌雄
日程 2022年2月10日（木）18:00-18:30
場所 オンライン（teamsライブ）※前日中に参加用URLをお知らせいたします。
定員 300名
定員を超えた場合、お申し込みを受け付けられない場合がございます。予めご了承ください。
参加費 無料
主催 アメリエフ株式会社、PHCホールディングス株式会社

皆様のご参加をお待ちしております！

※短時間でエッセンスをつかんでいただくコンセプトでの開催となります。
　内容に、実行環境の準備や解析に必要な全コマンドは含まれませんので、ご了承ください。

2022.01.21
第56回バイオインフォマティクス勉強会「マーカー探索のためのシングルセルRNA-seq解析@オンライン」

アメリエフは創業当時より「バイオインフォマティクスの活用を促進し研究を加速させる」ミッションを掲げ、定期的にバイオインフォマティクス勉強会を開催しています。
バイオインフォマティクス勉強会は、データが解析されていく様子をバイオインフォマティシャンの目線で体験できるイベントです。
初学者のデータ解析に対する敷居を下げる工夫をしておりますので、エッセンスをお持ち帰りいただきお役立ていただけましたら幸いです。
今回は「マーカー探索のためのシングルセルRNA-seq解析」をテーマに開催いたします。

【講義内容】
シングルセルRNA-seqによる転写産物の発現量の定量や精度、群間比較の統計的な意味についてご説明します。また、さまざまな条件下で有意に発現が変動する遺伝子の抽出や、機能解析をする際の注意点を解説。
シングルセルRNA-seqを始めたい、データ解析の統計的な意味を知りたい、外注先から結果を受け取った後の目途を立てたいといったお悩みを解消します。

【こんな方におすすめ】
・細胞単位でRNA発現を見たい方
・シングルセルRNA-seqを始めたい方
・発現情報をもとにバイオマーカー探索をすすめたい方

勉強会終了後には、実際に解析を行っている技術者との無料相談会を実施いたします。
無料相談のご要望が多く、完全予約制とさせていただいておりますので、お申込みの際にご希望をご記入ください。

開催要項

　

　

　

　

　

　

　

　

　

　

　

　

　

　

　

　

テーマ マーカー探索のためのシングルセルRNA-seq解析
講師 アメリエフ株式会社　代表取締役CEO　山口昌雄
日程 2022年2月10日（木）16:00-16:30
場所 オンライン（teamsライブ）※前日中に参加用URLをお知らせいたします。
定員 300名
定員を超えた場合、お申し込みを受け付けられない場合がございます。予めご了承ください。
参加費 無料
申込方法 こちらのフォームよりお申し込みください。
申し込み締切：2022年2月9日(水) 17:00まで
主催 アメリエフ株式会社、PHCホールディングス株式会社

皆様のご参加をお待ちしております！

※短時間でエッセンスをつかんでいただくコンセプトでの開催となります。
　内容に、実行環境の準備や解析に必要な全コマンドは含まれませんので、ご了承ください。

2022.01.20
受託解析【お年玉キャンペーン】

2022お年玉キャンペーンのお知らせ

受託解析お年玉キャンペーン

シーケンスに加えて、論文作成には欠かせないデータ解析・作図まで込みのスペシャルプラン

キャンペーン期間：2022年2月28日お問い合わせまで

PacBio Hifi ロングリードシーケンス受託解析

ゲノムDNAからがんゲノム構造変異のビジュアライズまでワンパッケージでご提供：59万円/サンプル（税込649,000円）

  • PacBio Hifi ロングリードシーケンス
    • HiFiライブラリ調整、Sequel Ⅱ CCS Sequencing、ヒト用データ解析（SV,CNV）
    • バイオインフォマティクス

    • 解析レポート、中間報告、最終報告（手法解説、結果解釈のディスカッション）
    • Circos plot
    • 20サンプル以上の場合、パスウェイエンリッチメント解析

シーケンスデータをお持ちでデータ解析のみをご依頼したい方はこちら
ゲノムDNAからタンデムリピート比較までワンパッケージでご提供：53.8万円/サンプル（税込591,800円）

Aコース：トリオのタンデムリピートの探索

  • PacBio Hifi ロングリードシーケンス
    • HiFiライブラリ調整、Sequel Ⅱ CCS Sequencing、ヒト用データ解析（SV,CNV）
    • バイオインフォマティクス

    • 解析レポート、中間報告、最終報告（手法解説、結果解釈のディスカッション）
    • タンデムリピートの検出
    • 遺伝子アノテーション
    • トリオのタンデムリピート検出結果統合、健常者ー罹患者間で変化の度合いが大きいタンデムリピート探索

Bコース：疾患群共通のタンデムリピートの探索

  • PacBio Hifi ロングリードシーケンス
    • HiFiライブラリ調整、Sequel Ⅱ CCS Sequencing、ヒト用データ解析（SV,CNV）
    • バイオインフォマティクス

    • 解析レポート、中間報告、最終報告（手法解説、結果解釈のディスカッション）
    • タンデムリピートの検出
    • 遺伝子アノテーション
    • 疾患群のタンデムリピート検出結果統合、健常者ー罹患者間で変化の度合いが大きいタンデムリピート探索

シーケンスデータをお持ちでデータ解析のみをご依頼したい方はこちら

臨床研究向け発現解析の決定版

total RNAからのRNA-seq遺伝子発現量群間比較までワンパッケージでご提供5.9万円/サンプル（4Gb）（税込64,900円）

  • RNAシーケンス
    • ライブラリ調整、NovaSeq6000による（PolyA 4Gb/13.3Mぺアードリード）によるシーケンシング
    • バイオインフォマティクス

    • 解析レポート、中間報告、最終報告（手法解説、結果解釈のディスカッション）
    • 発現定量解析：マッピング、 発現定量、クラスタリング、ヒートマップ、20サンプル以上の場合は主成分分析
    • 二群間解析における発現量比較解析：二群間解析（Volcano plot、４組組み合わせまで）、クラスタリング、ヒートマップ、 主成分分析
    • 発現変動遺伝子の抽出
    • 特定遺伝子に着目した発現量の変化の可視化（Box plotなど）
    • GO解析（Gene Ontology）、パスウェイ解析、20サンプル以上の場合はWGCNA（重み付け遺伝子共発現ネットワーク解析）

シーケンスデータをお持ちでデータ解析のみをご依頼したい方はこちら

シングルセル化した細胞からのシングルセルRNA-seq発現変動遺伝子解析までワンパッケージでご提供100万円/サンプル（税込1,100,000円）

Aコース：発現変動遺伝子の群間解析

  • シングルセルRNA-seq
    • 10xゲノミクスChroniumコントローラーでのシングルセル化された細胞からのRNA-Seqライブラリー調整、NovaSeq6000による120Gbのシーケンシング、Cell Rangerによる解析
    • バイオインフォマティクス

    • 解析レポート、中間報告、最終報告（手法解説、結果解釈のディスカッション）
    • Cell type同定に使用するマーカー遺伝子の検討
    • GO解析（Gene Ontology）、パスウェイ解析

Bコース：細胞分化に関わる発現変動遺伝子解析

  • シングルセルRNA-seq
    • 10xゲノミクスChroniumコントローラーでのシングルセル化された細胞からのRNA-Seqライブラリー調整、NovaSeq6000による120Gbのシーケンシング、Cell Rangerによる解析
    • バイオインフォマティクス

    • 解析レポート、中間報告、最終報告（手法解説、結果解釈のディスカッション）
    • 疑似系譜解析（Cell trajectoryの推定、マーカー遺伝子の検討）
    • 遺伝子アノテーション
    • GO解析（Gene Ontology）、パスウェイ解析

シーケンスデータをお持ちでデータ解析のみをご依頼したい方はこちら

※サンプル要件、サンプル送付方法、注意事項等は飛び先サイトの情報をご参照ください。

2022.01.06
ロングリードシーケンサーで切り開く疾患ゲノム解析【アメリエフ・ノボジーン・理科研共催セミナー】

概要

がんや精神疾患、希少疾患・難病研究など、疾患ゲノム解析における原因解明への新たな解析手法として、ロングリードシーケンサーが注目されています。
ロングリードで解析を行うことで、構造変異や大きな挿入・欠失、ハプロタイプの解析、リピートの解析など、ショートリードでは完全にカバーすることが難しかったゲノム異常の検出が可能になります。
様々なゲノム情報のバリエーションを考慮した臨床研究が積極的に行われており、疾患原因の解明、発症や重症化予測、治療や創薬のマーカー探索への活用が期待されています。
本セミナーでは、ロングリードシーケンサーによるゲノム解析をはじめるために、必要な基礎知識や流れ、押さえておきたいポイントを、実験からデータ解析までを解説いたします。
一般的な手法を知りたい、必要なコストやツールや、難易度を把握したい方に向けたセミナーです。

プログラム

16:00～16:05 ご挨拶
16:05～16:40 臨床研究で活用が広がるロングリードシーケンスのデータ解析
アメリエフ株式会社 代表取締役社長 山口昌雄
がんにおける体細胞変異および構造変異の検出やアノテーション、公開データベースを活用した解析についてご説明します。
また、変異が集積している遺伝子の探索による特定の疾患群の傾向把握や、臨床情報と組み合わせたオミクス解析による重症化マーカー探索の手法について解説します。
さらに、希少遺伝性難病の未解明の症例の原因究明には、全ゲノム解析によるリピート配列解析、ゲノム構造異常解析が極めて有力な研究手段となることが知られています。
今後の診断を見据えた臨床研究が期待されるロングリードデータ解析についても解説します。
16:40～16:55 ロングリードシーケンスをお得に使える受託サービス
ノボジーン株式会社 代表執行役社長 片桐友二
ノボジーンは世界最大規模のNGSサービスプロバイダーです。
ロングリードアプリケーションではPacBio社など最新のロングリードシーケンスプラットフォームを備えており、さらにグローバルの受託ニーズに応えられるよう十分なキャパシティーを誇っております。
本セミナーではノボジーンのサービス体制のご案内と、本セミナー受講者限定の特別割引のご紹介をさせて頂きます。
16:55～17:00 質疑応答

開催要項

日程 2022年 01月 27日（木）16:00 ～17:00
場所 Zoomにてオンライン開催
定員 80名
参加費 無料
申込方法 こちらのサイトよりお申し込みください。
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主催 理科研株式会社
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