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バイオインフォマティクス・トレーニング【新年度キャンペーン】

20221新年度トレーニングキャンペーンのお知らせ

新年度トレーニングキャンペーン

この春、新しい研究テーマに取り組むみなさまのバイオインフォマティクス技術習得を支援するため「新年度トレーニングキャンペーン」を実施いたします。
基礎技術を身に着ける基礎科目から、実践的な課題解決の技術習得を目的とした応用科目まで、全科目が対象となります。
この機会に是非ご活用ください。

対象期間 2022年6月30日までにご発注(8月末までの開催に限り)
キャンペーン割引対象 全科目15%オフ
注意事項 オンライン開催のみキャンペーン対象(訪問トレーニングは対象外)

【オンライントレーニングのイメージ】


※実際には双方向・ハンズオンのトレーニングとなります

バイオインフォマティクス・トレーニング・メニュー

おすすめの科目構成

  • シングルセルRNA-seqを始めたい
    応用科目:シングルセルRNA-seq
    基礎科目:R入門
  • がん体細胞変異解析を始めたい
    応用科目:がん体細胞変異解析、Reseq解析
    基礎科目:Linux入門
  • RNA-seqを始めたい
    応用科目:RNA-seq
    基礎科目:Linux入門、R入門
  • ChIP-seq解析を始めたい
    応用科目:ChIP-seq解析
    基礎科目:Linux入門
厚生労働省 令和4年度「がんの全ゲノム解析に関する人材育成推進事業」に採択されました

厚生労働省では、令和元年 12 月にとりまとめられた「全ゲノム解析等実行計画(第 1版)」において、全ゲノム解析等に必要な人材の一つとされている医学的知識を有するバイオインフォマティシャン等の育成を図り、全ゲノム解析等を推進することを目的とし、がんの全ゲノム解析に関する人材育成推進事業を実施しています。

アメリエフ株式会社は、令和3年度に引き続き、令和4年度がんの全ゲノム解析に関する人材育成推進事業に採択されました。

詳細は「臨床におけるがんのゲノム解析研修会特設サイト」にて随時ご案内いたします。
厚生労働省委託事業「がんの全ゲノム解析に関する人材育成推進事業」特設サイト

シングルセルRNAデータ解析システムをリリースしました

 アメリエフ株式会社(本社:東京都港区、代表取締役:山口昌雄、以下 アメリエフ)
は、これまで各社シーケンサに最適化した解析システムと導入支援、アフターサポートを提供し、ご好評をいただいています。
 この度「シングルセルRNAデータ解析システム」に、解析ソフトウエアのマニュアル・サポートが付属した新しいラインナップに加わりましたのでお知らせいたします。

【背景】
細胞単位で遺伝子発現を解析する「シングルセルRNA解析」は、細胞全体のRNA解析では見えなかった、細胞種ごとの遺伝子発現を解析する、近年非常に注目されている技術です。一方で、細胞単位での実験操作の難しさや、産出される膨大なデータの解析や解釈には専門的な技術やソフトウェアが必要であるなど、生命科学研究において手軽な技術とはまだ言えない状態です。
アメリエフは、シングルセルRNA解析を快適に行うために構成したサーバー、および、アメリエフ独自のソフトウェア利用支援サービスを提供することで、シングルセル技術の活用と普及に貢献します。

【サービス名】
シングルセルRNAデータ解析システム

【サービスの特徴】

  1. シングルセルRNA-seq解析に合ったソフトウェアをインストール・動作確認したサーバーを提供
  2. 導入時に、解析ソフトウェアのマニュアルを提供し、利用方法を解説。さらにその後12ヶ月に渡ってソフトウエア利用をサポート
  3. サーバーの設置、ネットワーク接続まで実施し、サーバー操作のお困りごとをサポート

【メリット】

  1. 10x Genomics社 Chromiumシステム(Chromium Controller、Chromium Xシリーズ)からのデータに対応した解析環境を提供します。
  2. 解析を始めるための環境整備とノウハウ取得を、シングルセルRNA-seq解析に必要なサーバー、ソフトウェアとそのサポートを提供することで支援します。
  3. データ解析の高速化、大規模なラボで多数の解析を行う環境構築、など用途に応じて最適なサーバー構成をご提案します。
モデル サーバー構成例 特徴 10xGenomics社
対応機種
スタンダード
プラン
CPU: Xeon Silver (2.1GHz、12core) × 1
メモリ: 128GB
SSD:1TB(OS)
HDD: 8TB×4(RAID6)
OS: Ubuntu 20.04 LTS
シングルセルRNA-seq解析を
実行可能な解析サーバーです。

解析に必要なソフトの動作要件を満たしています。
Chromium
Controller
スタンダード
プラス
プラン
CPU: Xeon Gold (3.1GHz、16core) × 1
メモリ: 256GB
SSD:1TB(OS)
HDD: 12TB×5(RAID6)
OS: Ubuntu 20.04 LTS
シングルセルRNA-seq解析を
高速に実行できる解析サーバーです。

研究を効率化するための中程度のスペックのマシンとしてご提案しています。
Chromium
Controller

Chromium
Xシリーズ

ハイスペック
プラン
CPU: Xeon Gold (3.1GHz、16core) × 2
メモリ: 512GB
SSD: 2TB(OS)
HDD: 12TB×5(RAID6)
OS: Ubuntu 20.04 LTS
シングルセルRNA-seq解析や、
Visiumを使用した空間的遺伝子発現解析を実行できるサーバーです。

大規模なラボで多数の解析を行う環境としてご提案しています。
Chromium
Controller

Chromium
Xシリーズ

ご興味のある方は、こちらよりお気軽にご連絡ください。

<お問い合わせ先>
アメリエフ株式会社
コーポレート部門 広報担当
E-mail:pr@amelieff.jp

臨床・創薬研究の「大規模データ研究支援」サービス提供開始

アメリエフ株式会社(本社:東京都港区、代表取締役:山口昌雄、以下 アメリエフ)
は、最先端のバイオインフォマティクス技術を活用した、データ解析システムの開発・提供、データ解析受託およびコンサルティング事業を展開しています。
 このたび、大規模な研究に特化することで、研究プロセスを効率化し、次の打ち手の迅速な検討を可能にする「大規模データ研究支援」サービスの提供を開始したことをお知らせいたします。

【背景】
多くの疾患の発症・重症化、副作用発現には、ゲノム変異が関与します。
近年、大規模なヒトゲノム研究が世界的に進んでおり、新たな病態解明や、疾患ゲノム研究の成果を創薬に活用するゲノム創薬で、多くの研究成果が得られています。これらの研究におけるデータ量の増加に伴い、最適な解析手法をいかに確立し、データ解析にかかる時間やリソースをどのようにマネジメントするかの重要性がますます高まっています。
 アメリエフの大規模データ研究支援は、臨床研究や創薬研究における分析結果を高品質に提供するだけでなく、分析結果に基づく示唆も示すことで、次の打ち手の根拠を示します。また、疾患に対する診断法・治療法についての科学的知見の収集や、最新データに基づくゲノムやオミクス情報の分析・解釈により、候補遺伝子の同定に貢献し、有効な医薬品の適用や創出を支援します。

【サービス名】
大規模データ研究支援

【各サービスの特徴】
AmeliCure難病遺伝子変異レポート

全ゲノム/全エクソーム解析による疾患原因候補となる変異情報を網羅的にレポートし、最新データを用いた定期再解析により臨床研究を支援

がん遺伝子変異マーカー探索レポート

臨床情報とがん遺伝子変異情報を用いた悪性化および薬剤応答マーカーの探索により臨床研究・創薬研究を支援

PDX向け発現解析レポート

がん細胞の群間比較による発現変動解析から薬剤の生物学的な機能の推定により創薬研究を支援

【アメリエフの特徴】
・最新技術を活用した多数のコンサル実績に基づく最適な解析の実施
・複数のオミクスデータを組み合わせ、仮説立案や補強、統合解析を実施
・実験・データ解析環境・システム運用提案・人材育成まで含めたトータル支援
・お客様の課題や目的を丁寧に把握した上での最適なソリューション提案

ご興味のある方は、こちらよりお気軽にご連絡ください。

<お問い合わせ先>
アメリエフ株式会社
コーポレート部門 広報担当
E-mail:pr@amelieff.jp

日本経済新聞 電子版特集に掲載されました

PHCグループの一員としてのアメリエフの取り組みが、日本経済新聞 電子版特集に掲載されました。

「これからはじめるシングルセルRNA-seq解析」セミナー

「これからはじめるシングルセルRNA-seq解析」セミナー

概要

 細胞単位で遺伝子発現を解析する「シングルセルRNA解析」は、細胞全体のRNA解析では見えなかった、細胞種ごとの遺伝子発現を解析する、近年非常に注目されている技術です。一方で、細胞単位での実験操作の難しさや、産出される膨大なデータの解析や解釈には専門的な技術やソフトウェアが必要であるなど、生命科学研究において手軽な技術とはまだ言えない状態です。
 本セミナーでは、シングルセルRNA解析システムとして代表的な10x Genomics社 大崎 研 氏に最新のシングルセル解析技術や研究事例のご紹介、実際にシングルセルRNA解析を始める際の注意点についてご紹介いただきます。続いて、アメリエフ社 代表の 山口昌雄より、シングルセルRNAデータ解析の実例やワークフロー、バイオインフォマティクス環境整備についてご紹介します。

【こんな方におすすめ】
・シングルセルRNA-seqを始めたい方
・発現情報をもとに創薬ターゲット探索をすすめたい方
・バイオインフォマティクス解析を始めたい方

プログラム

16:00~16:05 開会のご挨拶
16:05~16:25 シングルセル遺伝子発現解析の進め方(これから始める研究者の方へ)
10x Genomics 北アジア・リージョナルマーケティングマネージャー 大崎研

生命現象をより深く理解するため、現象を細胞レベルで捉えるシングルセル解析が注目されています。本セミナーでは、10x Genomics のシングルセル遺伝子発現を例に、これから解析を始めたい研究者向けにシングルセル解析でわかる事、実験の流れや解析の種類などについてご紹介します。
16:25~16:50 シングルセルRNAデータ解析の始め方
アメリエフ株式会社 代表取締役社長 山口昌雄

膨大なデータが得られるシングルセルRNA解析では、データの可視化や生物学的な解釈を行うために、バイオインフォマティクス環境の整備が大変重要となります。本セミナーでは、標準的なシングルセルRNAデータ解析の手順と、バイオインフォマティクス環境の整備方法について解説します。
16:50~17:00 質疑応答、閉会のご挨拶

開催要項

日程 2022年3月10日(木) 16:00〜17:00
配信方法 Zoomウェビナー ※前日中に参加用URLをお知らせいたします。
定員 500名
参加費 無料
申込方法 こちらのフォームよりお申し込みください。
申し込み締切:3月9日(水) 12:00まで
主催 アメリエフ株式会社

シングルセルRNA-seq解析に関して、担当による無料相談を希望しますか?

セミナー終了後には、実際に解析を行っている技術者との無料相談会を実施いたします。
無料相談のご要望が多く、完全予約制とさせていただいておりますので、お申込みの際にご希望をご記入ください。

第58回バイオインフォマティクス勉強会「PDXを用いた創薬研究のための発現解析@オンライン」

アメリエフは創業当時より「バイオインフォマティクスの活用を促進し研究を加速させる」ミッションを掲げ、定期的にバイオインフォマティクス勉強会を開催しています。
バイオインフォマティクス勉強会は、データが解析されていく様子をバイオインフォマティシャンの目線で体験できるイベントです。
初学者のデータ解析に対する敷居を下げる工夫をしておりますので、エッセンスをお持ち帰りいただきお役立ていただけましたら幸いです。
今回は「PDXを用いた創薬研究のための発現解析」をテーマに開催いたします。

▼オンデマンド動画を視聴する▼

PDXを用いた創薬研究のための発現解析動画
【講義内容】
PDXモデル(Patient-Derived Xenograft)は、患者由来のがん組織を免疫不全マウスに移植したマウスモデルのことで、臨床予測性が高い抗がん剤開発の革新的なツールとして期待されています。
本セミナーでは、次世代シーケンサから出力される転写産物の発現量の定量や精度、群間比較の統計的な意味についてご説明し、特に重要となるマウス由来配列の除去方法についてご紹介します。さらに、PDX活用において想定される様々な条件下で有意に発現が変動する遺伝子の抽出や、機能解析をする際の注意点を解説します。
データ解析の統計的な意味を復習したい、PDXのRNA-seq解析の目途を立てたいといったお悩みを解消します。

 

【こんな方におすすめ】
・PDXを活用したい方
・発現解析の基本を復習したい方
・発現解析の統計的な意味を理解したい方
・遺伝子発現プロファイリングを行い次の実験の仮説検証をすすめたい方

勉強会終了後には、実際に解析を行っている技術者との無料相談会を実施いたします。
無料相談のご要望が多く、完全予約制とさせていただいておりますので、お申込みの際にご希望をご記入ください。

開催要項

テーマ PDXを用いた創薬研究のための発現解析
講師 アメリエフ株式会社 代表取締役CEO 山口昌雄
日程 2022年2月24日(木)16:00-16:30
場所 オンライン(teamsライブ)※前日中に参加用URLをお知らせいたします。
定員 300名
定員を超えた場合、お申し込みを受け付けられない場合がございます。予めご了承ください。
参加費 無料
主催 アメリエフ株式会社PHCホールディングス株式会社

皆様のご参加をお待ちしております!

※短時間でエッセンスをつかんでいただくコンセプトでの開催となります。
 内容に、実行環境の準備や解析に必要な全コマンドは含まれませんので、ご了承ください。

バイオインフォマティクス・トレーニング【特別キャンペーン】ご好評につき期間延長!

2021特別キャンペーン ご好評につき期間延長のお知らせ

バイオインフォマティクス・トレーニング 特別キャンペーン

ご好評につき期間延長!
開催枠残り僅か!
開催枠がなくなり次第、キャンペーン終了いたしますので、ご検討の場合はお早目のお申込みを。
基礎技術を身に着ける基礎科目から、実践的な課題解決の技術習得を目的とした応用科目までご選択いただけます。

対象期間 2022年2月28日までにご発注(3月末までの開催に限り)
キャンペーン割引対象 2科目お申込み時の2科目目(全科目が対象)
注意事項 オンライン開催のみキャンペーン対象(訪問トレーニングは対象外)
開催枠がなくなり次第、本キャンペーンは終了させていただきます

【オンライントレーニングのイメージ】


※実際には双方向・ハンズオンのトレーニングとなります

バイオインフォマティクス・トレーニング・メニュー

年度末解析キャンペーン

2021年度末解析キャンペーンのお知らせ 「ご希望の切り口での解析」「結果を受け取ったあとのアクション」などデータ解析のお悩みは、解析結果を研究に生かすことにフォーカスするアメリエフにご相談しませんか。

アメリエフの受託解析の特徴

一般的な受託解析 アメリエフの受託解析
解析データと報告書を納品 解析データと報告書に加え
・バイオインフォマティシャンによる報告書のご説明
・解析手法の解説
・結果解釈のディスカッション
・必要な追加解析のご提案

まで実施

キャンペーン内容

研究対象 データ バイオインフォマティクスメニュー
遺伝子発現量
群間比較
RNA-seq解析 発現定量解析
¥ 10,000/サンプル 納期0.5か月(税込¥11,000)
二群間解析における発現量比較解析
¥ 20,000/サンプル 納期0.5か月(税込¥22,000)
発現変動
遺伝子解析
シングルセル
RNA-seq解析
発現変動遺伝子の群間解析
細胞分化に関わる発現変動遺伝子解析
¥218,000/サンプル 納期1か月(税込¥239,800)
がんゲノム
構造変異
ロングリード
シーケンス解析
がんゲノム構造変異のビジュアライズ
¥ 120,000/サンプル 納期1か月(税込¥132,000)
タンデム
リピート
比較解析
ロングリード
シーケンス解析
トリオのタンデムリピートの探索
疾患群共通のタンデムリピートの探索
¥ 120,000/サンプル 納期1.5か月(税込¥132,000)

シーケンスからデータ解析までをご依頼したい方はこちら

バイオインフォマティクスメニューの詳細

遺伝子発現量群間比較[RNA-seq解析]

  • 解析レポート、中間報告、最終報告(手法解説、結果解釈のディスカッション)
  • 発現定量解析:マッピング、 発現定量、クラスタリング、ヒートマップ、20サンプル以上の場合は主成分分析
  • 二群間解析における発現量比較解析:二群間解析(Volcano plot、4組組み合わせまで)、クラスタリング、ヒートマップ、 主成分分析
  • 発現変動遺伝子の抽出
  • 特定遺伝子に着目した発現量の変化の可視化(Box plotなど)
  • GO解析(Gene Ontology)、パスウェイ解析、20サンプル以上の場合はWGCNA(重み付け遺伝子共発現ネットワーク解析)

発現変動遺伝子解析[シングルセルRNA-seq解析]

Aコース:発現変動遺伝子の群間解析

  • 解析レポート、中間報告、最終報告(手法解説、結果解釈のディスカッション)
  • Cell type同定に使用するマーカー遺伝子の検討
  • GO解析(Gene Ontology)、パスウェイ解析

Bコース:細胞分化に関わる発現変動遺伝子解析

  • 解析レポート、中間報告、最終報告(手法解説、結果解釈のディスカッション)
  • 疑似系譜解析(Cell trajectoryの推定、マーカー遺伝子の検討)
  • 遺伝子アノテーション
  • GO解析(Gene Ontology)、パスウェイ解析

がんゲノム構造変異 [ロングリードシーケンス解析]

  • 解析レポート、中間報告、最終報告(手法解説、結果解釈のディスカッション)
  • Circos plot
  • 20サンプル以上の場合、パスウェイエンリッチメント解析

タンデムリピート比較解析[ロングリードシーケンス解析]

Aコース:トリオのタンデムリピートの探索

  • 解析レポート、中間報告、最終報告(手法解説、結果解釈のディスカッション)
  • タンデムリピートの検出
  • 遺伝子アノテーション
  • トリオのタンデムリピート検出結果統合、健常者ー罹患者間で変化の度合いが大きいタンデムリピート探索

Bコース:疾患群共通のタンデムリピートの探索

  • 解析レポート、中間報告、最終報告(手法解説、結果解釈のディスカッション)
  • タンデムリピートの検出
  • 遺伝子アノテーション
  • 疾患群のタンデムリピート検出結果統合、健常者ー罹患者間で変化の度合いが大きいタンデムリピート探索

シーケンスからデータ解析までをご依頼したい方はこちら

第57回バイオインフォマティクス勉強会「臨床研究のための遺伝性変異解析@オンライン」

アメリエフは創業当時より「バイオインフォマティクスの活用を促進し研究を加速させる」ミッションを掲げ、定期的にバイオインフォマティクス勉強会を開催しています。
バイオインフォマティクス勉強会は、データが解析されていく様子をバイオインフォマティシャンの目線で体験できるイベントです。
初学者のデータ解析に対する敷居を下げる工夫をしておりますので、エッセンスをお持ち帰りいただきお役立ていただけましたら幸いです。
今回は「臨床研究のための遺伝性変異解析」をテーマに開催いたします。

▼オンデマンド動画を視聴する▼

臨床研究のための遺伝性変異解析動画
【講義内容】
本セミナーでは、次世代シーケンサーから得られた変異情報に対する、臨床的な解釈や、疾患に特徴的な変異の抽出方法についてご説明します。
また、疾患原因の候補となる変異の抽出、公共データベースを用いたアノテーションと絞り込みをする際の注意点を解説。
シーケンサーの変異解析に関する、一般的な手法を知りたい、必要なツールと難易度を把握したい方に向けた入門セミナーです。

 

【こんな方におすすめ】
・臨床的な考察を行いたい方
・変異解析結果の解釈のためのポイントを理解したい方
・ゲノム変異解析の基本を復習したい方

勉強会終了後には、実際に解析を行っている技術者との無料相談会を実施いたします。
無料相談のご要望が多く、完全予約制とさせていただいておりますので、お申込みの際にご希望をご記入ください。

開催要項

テーマ 臨床研究のための遺伝性変異解析
講師 アメリエフ株式会社 代表取締役CEO 山口昌雄
日程 2022年2月10日(木)18:00-18:30
場所 オンライン(teamsライブ)※前日中に参加用URLをお知らせいたします。
定員 300名
定員を超えた場合、お申し込みを受け付けられない場合がございます。予めご了承ください。
参加費 無料
主催 アメリエフ株式会社PHCホールディングス株式会社

皆様のご参加をお待ちしております!

※短時間でエッセンスをつかんでいただくコンセプトでの開催となります。
 内容に、実行環境の準備や解析に必要な全コマンドは含まれませんので、ご了承ください。

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