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2022.05.11

第65回バイオインフォマティクス勉強会「研究のためのDocker超入門@オンライン」

アメリエフは創業当時より「バイオインフォマティクスの活用を促進し研究を加速させる」ミッションを掲げ、定期的にバイオインフォマティクス勉強会を開催しています。
バイオインフォマティクス勉強会は、データが解析されていく様子をバイオインフォマティシャンの目線で体験できるイベントです。
初学者のデータ解析に対する敷居を下げる工夫をしておりますので、エッセンスをお持ち帰りいただきお役立ていただけましたら幸いです。
今回は、バイオデータ解析のシステムやインフラ環境の切り口で「研究のためのDocker超入門」をテーマに開催いたします

▼オンデマンド動画を視聴する▼

【講義内容】
プログラムの実行環境を管理するための仕組みとしてのDocker技術の利用が、バイオインフォマティクス分野でも進んでいます。
勉強会では、Dockerの概念とメリットに加え、バイオインフォマティクスツールのDockerコンテナで環境を構築する過程を示しながら解説いたします。
敷居が高く手が出せないのでDockerの概念を知りたい、Dockerで提供されているツールを利用したい、複数バージョンのソフトウェアを共存させて解析したい、といったお悩みを解消します。

Dockerで提供されているバイオインフォマティクスツール：BLAST、Ensembl、GATK、Nextstrainなど

【こんな方におすすめ】
・アカデミアや企業のラボのシステム管理者
・オープンソースを利用するために解析環境を構築したい方
・データ解析用のシステムを準備したい方

勉強会終了後には無料相談会を実施いたします。
無料相談のご要望が多く、完全予約制とさせていただいておりますので、お申込みの際にご希望をご記入ください。

開催要項

テーマ	研究のためのDocker超入門
講師	アメリエフ株式会社　代表取締役CEO　山口昌雄
日程	2022年6月2日（木）18:00-18:30
場所	オンライン（Zoom）
定員	300名定員を超えた場合、お申し込みを受け付けられない場合がございます。予めご了承ください。
参加費	無料
申込方法	こちらのフォームよりお申し込みください。
主催	アメリエフ株式会社

皆様のご参加をお待ちしております！

※短時間でエッセンスをつかんでいただくコンセプトでの開催となります。
　内容に、環境構築に必要な全コマンドは含まれませんので、ご了承ください。

2022.04.28

第64回バイオインフォマティクス勉強会「遺伝子マーカー探索のためのがんゲノム変異解析@オンライン」

アメリエフは創業当時より「バイオインフォマティクスの活用を促進し研究を加速させる」ミッションを掲げ、定期的にバイオインフォマティクス勉強会を開催しています。
バイオインフォマティクス勉強会は、データが解析されていく様子をバイオインフォマティシャンの目線で体験できるイベントです。
初学者のデータ解析に対する敷居を下げる工夫をしておりますので、エッセンスをお持ち帰りいただきお役立ていただけましたら幸いです。
今回は「遺伝子マーカー探索のためのがんゲノム変異解析」をテーマに開催いたします。

▼オンデマンド動画を視聴する▼

【講義内容】
全ゲノムや全エクソームなど網羅的なシーケンスによって得られたがん体細胞変異に対して、意味づけや複数検体の特徴を解析する手法についてご説明します。
具体的には、がん種に特徴的な遺伝子変異をデータベースを用いて探索する方法、および、臨床的な所見に関連する遺伝子をオンコプロットを用いて探索する方法について取り上げます。

【こんな方におすすめ】
・ゲノム変異解析の基本を復習したい方
・変異解析結果の解釈のためのポイントを理解したい方
・プロファイリングを行い次の実験の仮説検証をすすめたい方

勉強会終了後には、実際に解析を行っている技術者との無料相談会を実施いたします。
無料相談のご要望が多く、完全予約制とさせていただいておりますので、お申込みの際にご希望をご記入ください。

開催要項

テーマ	遺伝子マーカー探索のためのがんゲノム変異解析
講師	アメリエフ株式会社　代表取締役CEO　山口昌雄
日程	2022年5月26日（木）18:00-18:30
場所	オンライン（Zoom）
定員	300名定員を超えた場合、お申し込みを受け付けられない場合がございます。予めご了承ください。
参加費	無料
主催	アメリエフ株式会社

皆様のご参加をお待ちしております！

※短時間でエッセンスをつかんでいただくコンセプトでの開催となります。
　内容に、実行環境の準備や解析に必要な全コマンドは含まれませんので、ご了承ください。

2022.04.28

第63回バイオインフォマティクス勉強会「プロテオーム×トランスクリプトームの統合オミクス解析@オンライン」

アメリエフは創業当時より「バイオインフォマティクスの活用を促進し研究を加速させる」ミッションを掲げ、定期的にバイオインフォマティクス勉強会を開催しています。
バイオインフォマティクス勉強会は、データが解析されていく様子をバイオインフォマティシャンの目線で体験できるイベントです。
初学者のデータ解析に対する敷居を下げる工夫をしておりますので、エッセンスをお持ち帰りいただきお役立ていただけましたら幸いです。
今回は「プロテオーム×トランスクリプトームの統合オミクス解析」をテーマに開催いたします。

▼オンデマンド動画を視聴する▼

【講義内容】
プロテオーム解析とトランスクリプトーム解析を組み合わせる統合オミクス解析の基本的な解析手法と、その手法を用いた公開データの解析例をご説明いたします。
特に、クラスタリングや主成分分析によって、データの概観について理解を得る方法や、GOエンリッチメント解析により、がん細胞の特徴を検討する方法について具体例をもとに解説いたします。

【こんな方におすすめ】
・プロテオーム解析やトランスクリプトーム解析に興味をお持ちの方
・バイオマーカー探索に関心のある方

開催要項

テーマ	プロテオーム×トランスクリプトームの統合オミクス解析
講師	アメリエフ株式会社　代表取締役CEO　山口昌雄
日程	2022年5月26日（木）17:00-17:30
場所	オンライン（Zoom）
定員	300名定員を超えた場合、お申し込みを受け付けられない場合がございます。予めご了承ください。
参加費	無料
主催	アメリエフ株式会社

皆様のご参加をお待ちしております！

2022.04.28

第62回バイオインフォマティクス勉強会「臨床研究のための遺伝子発現と層別化解析@オンライン」

アメリエフは創業当時より「バイオインフォマティクスの活用を促進し研究を加速させる」ミッションを掲げ、定期的にバイオインフォマティクス勉強会を開催しています。
バイオインフォマティクス勉強会は、データが解析されていく様子をバイオインフォマティシャンの目線で体験できるイベントです。
初学者のデータ解析に対する敷居を下げる工夫をしておりますので、エッセンスをお持ち帰りいただきお役立ていただけましたら幸いです。
今回は「臨床研究のための遺伝子発現と層別化解析」をテーマに開催いたします。

【講義内容】
次世代シーケンサから出力される転写産物の発現量の定量や精度、群間比較の統計的な意味についてご説明します。また、主成分分析による層別化解析を行い、特定のクラスターにおける群間解析を実施することで、サブグループ毎の遺伝子発現プロファイルを見る際の注意点を解説。
データ解析の統計的な意味を復習したい、外注先から発現定量値を受け取った後の目途を立てたいといったお悩みを解消します。

【こんな方におすすめ】
・発現解析の基本を復習したい方
・発現解析の統計的な意味を理解したい方
・遺伝子発現プロファイリングを行い次の実験の仮説検証をすすめたい方

開催要項

テーマ	臨床研究のための遺伝子発現と層別化解析
講師	アメリエフ株式会社　代表取締役CEO　山口昌雄
日程	2022年5月17日（火）18:00-18:30
場所	オンライン（Zoom）
定員	300名定員を超えた場合、お申し込みを受け付けられない場合がございます。予めご了承ください。
参加費	無料
申込方法	こちらのフォームよりお申し込みください。
主催	アメリエフ株式会社

お申し込みはこちら

皆様のご参加をお待ちしております！

2022.04.28

【ダイジェスト動画】「最新のシングルセル解析とバイオインフォマティクス」セミナー

2022年4月21日(木)に実施いたしました
「最新のシングルセル解析とバイオインフォマティクス」セミナーは
おかげさまで約300名のお申込み、当日も約200名のご参加をいただき、
質疑応答でも20件以上のご質問、急遽10分ほど終了時間を延長して回答させていただくなど、
盛会のうちに終了することができました。

本セミナーのダイジェスト動画を公開いたしましたので、是非ご視聴ください。

また、アメリエフではシングルセルRNA解析に関する各種バイオインフォマティクス・サービスを提供しております。
是非、下記リンクより各サービスの詳細をご覧ください。

2022.04.12

第61回バイオインフォマティクス勉強会「シングルセルRNA解析のサンプル統合解析とvelocity解析@オンライン」

アメリエフは創業当時より「バイオインフォマティクスの活用を促進し研究を加速させる」ミッションを掲げ、定期的にバイオインフォマティクス勉強会を開催しています。
バイオインフォマティクス勉強会は、データが解析されていく様子をバイオインフォマティシャンの目線で体験できるイベントです。
初学者のデータ解析に対する敷居を下げる工夫をしておりますので、エッセンスをお持ち帰りいただきお役立ていただけましたら幸いです。
今回は「シングルセルRNA解析のサンプル統合解析とvelocity解析」をテーマに開催いたします。

▼オンデマンド動画を視聴する▼

【講義内容】
シングルセルRNA-seqによる転写産物の発現量の定量や精度、群間比較の方法についてご説明します。また、シングルセル解析パッケージSeuratを用いた複数サンプルのシングルセルRNAの統合解析や、RNA velocity解析などの発展的な解析ワークフローについてもご紹介。
シングルセルRNA-seqを始めたい、データ解析の統計的な意味を知りたい、外注先から結果を受け取った後の目途を立てたいといったお悩みを解消します。

【こんな方におすすめ】
・シングルセルRNA-seqのデータ解析を始めたい方
・発現情報をもとに薬剤応答の解析をすすめたい方
・細胞分化に注目した時系列での解析を行いたい方

開催要項

テーマ	シングルセルRNA解析のサンプル統合解析とvelocity解析
講師	アメリエフ株式会社　代表取締役CEO　山口昌雄
日程	2022年4月27日（水）18:00-18:30
場所	オンライン（Zoom）
定員	300名定員を超えた場合、お申し込みを受け付けられない場合がございます。予めご了承ください。
参加費	無料
申込方法	こちらのフォームよりお申し込みください。
主催	アメリエフ株式会社

皆様のご参加をお待ちしております！

2022.04.12

第60回バイオインフォマティクス勉強会「疾患研究のためのChIP-seq解析@オンライン」

アメリエフは創業当時より「バイオインフォマティクスの活用を促進し研究を加速させる」ミッションを掲げ、定期的にバイオインフォマティクス勉強会を開催しています。
バイオインフォマティクス勉強会は、データが解析されていく様子をバイオインフォマティシャンの目線で体験できるイベントです。
初学者のデータ解析に対する敷居を下げる工夫をしておりますので、エッセンスをお持ち帰りいただきお役立ていただけましたら幸いです。
今回は「疾患研究のためのChIP-seq解析」をテーマに開催いたします。

▼オンデマンド動画を視聴する▼

【講義内容】
本セミナーでは、次世代シーケンサーから得られたChIP-seqのデータを用いて転写モチーフ解析を行い、疾患や細胞変化に関連する重要な転写因子の探索を行う方法について、ご説明します。また、既知のモチーフ検索や、処置群と対照群を比較する際の注意点を解説。
エピゲノム解析に関する、一般的な手法を知りたい、必要なツールと難易度を把握したい方に向けた入門セミナーです。

【こんな方におすすめ】
・臨床的な考察を行いたい方
・エピゲノム解析結果の解釈のためのポイントを理解したい方
・エピゲノム解析の基本を復習したい方

開催要項

テーマ	疾患研究のためのChIP-seq解析
講師	アメリエフ株式会社　代表取締役CEO　山口昌雄
日程	2022年4月27日（水）17:00-17:30
場所	オンライン（Zoom）
定員	300名定員を超えた場合、お申し込みを受け付けられない場合がございます。予めご了承ください。
参加費	無料
主催	アメリエフ株式会社

皆様のご参加をお待ちしております！

2022.04.11

第59回バイオインフォマティクス勉強会「臨床研究のための遺伝性変異解析@録画配信」

アメリエフは創業当時より「バイオインフォマティクスの活用を促進し研究を加速させる」ミッションを掲げ、定期的にバイオインフォマティクス勉強会を開催しています。
バイオインフォマティクス勉強会は、データが解析されていく様子をバイオインフォマティシャンの目線で体験できるイベントです。
初学者のデータ解析に対する敷居を下げる工夫をしておりますので、エッセンスをお持ち帰りいただきお役立ていただけましたら幸いです。
今回は「臨床研究のための遺伝性変異解析」をテーマに開催いたします。

▼オンデマンド動画を視聴する▼

【講義内容】
本セミナーでは、次世代シーケンサーから得られた変異情報に対する、臨床的な解釈や、疾患に特徴的な変異の抽出方法についてご説明します。
また、疾患原因の候補となる変異の抽出、公共データベースを用いたアノテーションと絞り込みをする際の注意点を解説。
シーケンサーの変異解析に関する、一般的な手法を知りたい、必要なツールと難易度を把握したい方に向けた入門セミナーです。
※今回は2022年2月10日に実施した勉強会の録画配信となります。

【こんな方におすすめ】
・臨床的な考察を行いたい方
・変異解析結果の解釈のためのポイントを理解したい方
・ゲノム変異解析の基本を復習したい方

開催要項

テーマ	臨床研究のための遺伝性変異解析
講師	アメリエフ株式会社　代表取締役CEO　山口昌雄
日程	2022年4月26日（火）17:30-18:00
場所	オンライン（Zoom）
定員	300名定員を超えた場合、お申し込みを受け付けられない場合がございます。予めご了承ください。
参加費	無料
主催	アメリエフ株式会社

皆様のご参加をお待ちしております！

2022.04.11

新年度RNA/シングルセルRNA受託解析キャンペーン

キャンペーン期間：2022年6月30日　試料またはデータ受領まで

RNA-seq
シングルセルRNA-seq

RNA-seq遺伝子発現量群間比較

シーケンスに加えて、論文作成には欠かせない「
二群間解析における発現量比較解析」「
発現変動遺伝子の抽出」「
特定遺伝子に着目した発現量の変化の可視化」「
GO解析」「
パスウェイ解析」込みのスペシャルプラン

RNAシーケンス
- Aコース：ライブラリ調製、NovaSeq6000による（PolyA 4Gb/13.3Mぺアードリード）によるシーケンシング
- Bコース：ライブラリ調製、NovaSeq6000による（PolyA 12Gb/40Mぺアードリード）によるシーケンシング
※non stranded RNA-seqとなります。strand specific RNA-seqをご希望の場合はお問合せください
- 解析レポート、中間報告、最終報告（手法解説、結果解釈のディスカッション）
- 発現定量解析：マッピング、発現定量、クラスタリング、ヒートマップ、20サンプル以上の場合は主成分分析
- 二群間解析における発現量比較解析：二群間解析（Volcano plot、４組組み合わせまで）、クラスタリング、ヒートマップ、主成分分析
- 発現変動遺伝子の抽出
- 特定遺伝子に着目した発現量の変化の可視化（Box plotなど）
- GO解析（Gene Ontology）、パスウェイ解析、20サンプル以上の場合はWGCNA（重み付け遺伝子共発現ネットワーク解析）
※Aコース：5.9万円/サンプル（税込64,900円）、Bコース：6.9万円/サンプル（税込75,900円）

RNA-seq
遺伝子発現量群間比較
お問合せ

シングルセルRNA-seq発現変動遺伝子解析

シーケンスに加えて、論文作成には欠かせない「
Cell type同定に使用するマーカー遺伝子の検討」または「
疑似系譜解析」「
GO解析」「
パスウェイ解析」込みのスペシャルプラン

Aコース：発現変動遺伝子の群間解析

シングルセルRNA-seq
- 10xゲノミクスChroniumコントローラーでのシングルセル化された細胞からのRNA-Seqライブラリー調製、NovaSeq6000による120Gbのシーケンシング、Cell Rangerによる解析
- 解析レポート、中間報告、最終報告（手法解説、結果解釈のディスカッション）
- Cell type同定に使用するマーカー遺伝子の検討
- GO解析（Gene Ontology）、パスウェイ解析

Bコース：細胞分化に関わる発現変動遺伝子解析

シングルセルRNA-seq
- 10xゲノミクスChroniumコントローラーでのシングルセル化された細胞からのRNA-Seqライブラリー調製、NovaSeq6000による120Gbのシーケンシング、Cell Rangerによる解析
- 解析レポート、中間報告、最終報告（手法解説、結果解釈のディスカッション）
- 疑似系譜解析（Cell trajectoryの推定、マーカー遺伝子の検討）
- 遺伝子アノテーション
- GO解析（Gene Ontology）、パスウェイ解析

シングルセルRNA-seq
発現変動遺伝子解析
お問合せ

サンプルに関して

サンプル要件

RNA-seq遺伝子発現量群間比較
- サンプルタイプ：total RNA
  ※サンプルQCでRIN値が非常に低い場合は、再提出をお願いすることがございます。
  ※ ヒトおよびマウス以外の生物種をご希望の場合は、お問合せください。
  
  総量（µg）液量（µL）濃度（µg）純度
  
  1以上 20以上 50以上 OD260/280 1.8 - 2.2
  OD260/230 ≧ 1.8
シングルセルRNA-seq発現変動遺伝子解析
- サンプルタイプ：細胞
  ※ ヒトおよびマウス以外の生物種をご希望の場合は、お問合せください。
  - 凍結状態であること。
  - 細胞数は106細胞以上であること。
  - 融解後の細胞の生存率が90%以上推奨。
  - 細胞は分散もしくは単離してください。
  - EDTA0.1mM以下、マグネシウム3mM以下、界面活性剤は含まないこと。
  - 細胞サイズが直径30μm以下であること。
  - 40μmのフィルターにかけてください。
  - 凍結の際にはセルバンカー等を用いてください。

総量（µg）	液量（µL）	濃度（µg）	純度
1以上	20以上	50以上	OD260/280 1.8 - 2.2 OD260/230 ≧ 1.8

注意事項

※シーケンスデータはノボジーン株式会社が提供いたします
※東京配送センター利用料金、データ納品のHDD/Cloudの費用は別途頂戴いたします。

送付方法

サンプルは、ドライアイス同梱の上、ノボジーン東京配送センターにお送りください。

　〒103-0023 　東京都中央区日本橋本町2-3-11
日本橋ライフサイエンスビルB101　東京配送センター

※シングルセル遺伝子発現解析は、機器を持ち込んでの出張サービスも承っております。
その際には出張費をご請求いたします。
また、ノボジーンラボにサンプルを持ち込んで頂いてのご利用も可能です。詳細はお問合せください。

2022.03.30

「最新のシングルセル解析とバイオインフォマティクス」セミナー｜スクラム×アメリエフ共催

▼オンデマンド動画を視聴する▼

概要

　細胞単位で遺伝子発現を解析する「シングルセル解析」は、細胞全体のRNA解析では見えなかった、細胞種ごとの遺伝子発現を解析する、近年非常に注目されている技術です。また、日進月歩で新しい技術が開発され、遺伝子発現だけでなくエピゲノム解析手法の開発も盛んに行われています。一方で、細胞単位での実験操作の難しさや、産出される膨大なデータの解析や解釈には専門的な技術やソフトウェアが必要であるなど、生命科学研究において手軽な技術とはまだ言えない状態です。
　本セミナーでは、10x Genomics社の製品を扱うスクラム社の掛谷知志様より、解析結果に大きく影響するサンプルのクオリティを高める細胞調整や核調整時の注意点とツールについて、新製品の核酸抽出キットと合わせてご紹介いただきます。続いて、アメリエフ社代表の山口昌雄より、シングルセル解析パッケージSeuratを用いた複数サンプルのシングルセルRNAの統合解析や、RNA velocity解析などの発展的な解析ワークフローについてご紹介します。

【こんな方におすすめ】
・Chromium コントローラーを購入された方
・シングルセル解析を試してみたい方
・バイオインフォマティクス解析を始めたい方
・発現情報をもとに創薬ターゲット探索をすすめたい方

プログラム

17:30～17:35	開会のご挨拶
17:35～17:55	シングルセル解析におけるサンプル調製の注意点とツールのご紹介株式会社スクラム　掛谷知志シングルセル解析ではサンプルのクオリティが結果に大きく影響します。本セミナーでは細胞調製や核調製時の注意点とツールについてご紹介させて頂きます。
17:55～18:20	Seuratを用いた複数サンプルの統合解析とRNA Velocity解析の紹介アメリエフ株式会社代表取締役社長山口昌雄シングルセル解析における、Seuratを用いた複数サンプルの統合解析と、細胞分化の研究において注目されるRNA velocity解析の概要についてご紹介します。
18:20～18:30	質疑応答、閉会のご挨拶

開催要項

日程	2022年4月21日(木)　17:30〜18:30
配信方法	Zoomウェビナー　※前日までに参加用URLをお知らせいたします。
定員	500名
参加費	無料
主催	アメリエフ株式会社、株式会社スクラム

シングルセル解析に関して、担当による無料相談を希望しますか？

セミナー終了後には、実際に解析を行っている技術者との無料相談会を実施いたします。
無料相談のご要望が多く、完全予約制とさせていただいておりますので、お申込みの際にご希望をご記入ください。